More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004105 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004105  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 1125 aa  2318    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01362  hypothetical protein  77.07 
 
 		 1141 aa  1825    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 1121 aa  803    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.48 
 
 		 1327 aa  96.3  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.42 
 
 		 1278 aa  86.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  21.65 
 
 		 1334 aa  83.2  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  37.27 
 
 		 1343 aa  81.3  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  21.3 
 
 		 1005 aa  80.9  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  34.91 
 
 		 993 aa  77.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  20.05 
 
 		 1349 aa  76.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.2 
 
 		 1486 aa  74.7  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  30 
 
 		 1340 aa  73.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.6 
 
 		 325 aa  73.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  34.29 
 
 		 1374 aa  73.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  31.19 
 
 		 663 aa  71.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  26.55 
 
 		 1384 aa  68.6  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  28.33 
 
 		 1366 aa  68.6  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.33 
 
 		 1237 aa  67.8  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  36.28 
 
 		 1324 aa  67.4  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.75 
 
 		 1114 aa  66.6  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.33 
 
 		 1396 aa  66.6  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  33.98 
 
 		 1306 aa  67  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 1341 aa  67  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  36.27 
 
 		 1376 aa  66.6  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 677 aa  67  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 327 aa  65.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  22.24 
 
 		 1418 aa  65.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3270  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 544 aa  65.9  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 318 aa  65.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  30.6 
 
 		 1342 aa  65.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0928  AraC family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 77 aa  65.1  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265632  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 546 aa  65.1  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  34.15 
 
 		 1344 aa  65.1  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  30.63 
 
 		 1335 aa  64.7  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  27.59 
 
 		 1374 aa  64.7  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 325 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 347 aa  64.3  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 327 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  18.78 
 
 		 1070 aa  64.3  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  31.03 
 
 		 1344 aa  64.3  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  34.29 
 
 		 1388 aa  63.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 313 aa  63.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  33.64 
 
 		 1404 aa  63.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00426  putative two-component system sensor kinase/response regulator fusion protein  33.7 
 
 		 1280 aa  63.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  33.33 
 
 		 1347 aa  63.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 298 aa  63.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  29.25 
 
 		 1373 aa  63.2  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  63.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  28.57 
 
 		 1311 aa  62.4  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  31.25 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 766 aa  62.4  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.52 
 
 		 1508 aa  62.4  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  28.43 
 
 		 1414 aa  62.4  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 251 aa  62  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 360 aa  62  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2338  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 263 aa  62  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.317534  normal  0.710284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.97 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 542 aa  61.6  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 515 aa  61.6  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  20.41 
 
 		 1054 aa  60.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 312 aa  61.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 405 aa  60.8  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 940 aa  60.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 303 aa  60.8  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.84 
 
 		 1508 aa  60.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  30.77 
 
 		 1400 aa  61.2  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 348 aa  61.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 309 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 257 aa  60.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 257 aa  60.1  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 517 aa  60.1  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 360 aa  60.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  29.52 
 
 		 1397 aa  60.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 262 aa  60.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 330 aa  60.1  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 357 aa  60.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 257 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 346 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.24 
 
 		 1508 aa  60.5  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 357 aa  60.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 346 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 346 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.66 
 
 		 1378 aa  60.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.43 
 
 		 1373 aa  60.1  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  30.84 
 
 		 309 aa  60.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 303 aa  59.7  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 257 aa  59.7  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1490  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 197 aa  59.7  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107689  normal  0.0449823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  59.7  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.93 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1285  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 293 aa  59.3  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.325206 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.93 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 319 aa  59.3  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>