More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003607 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  100 
 
 
248 aa  518  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  80.24 
 
 
249 aa  424  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  55.07 
 
 
238 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  53.74 
 
 
239 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  53.28 
 
 
239 aa  255  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  47.79 
 
 
238 aa  243  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  48.02 
 
 
239 aa  241  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  48.44 
 
 
238 aa  237  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
235 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  49.12 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  47.79 
 
 
238 aa  230  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  44.4 
 
 
241 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  44.18 
 
 
251 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  45.02 
 
 
240 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  42.06 
 
 
240 aa  210  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  44.69 
 
 
240 aa  209  4e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  43.61 
 
 
236 aa  202  6e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.09 
 
 
230 aa  145  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  36.54 
 
 
228 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.8 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.31 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 
228 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 
228 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.84 
 
 
228 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.03 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.49 
 
 
228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 
226 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.84 
 
 
228 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 
226 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.35 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 
229 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.57 
 
 
246 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.64 
 
 
232 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 
233 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  34.3 
 
 
228 aa  102  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.47 
 
 
223 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
236 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
233 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.08 
 
 
228 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.48 
 
 
200 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  35.48 
 
 
200 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.95 
 
 
200 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  34.36 
 
 
181 aa  86.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.04 
 
 
200 aa  85.5  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  33.52 
 
 
1390 aa  84.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.44 
 
 
203 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.58 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.24 
 
 
224 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 
213 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.72 
 
 
200 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.58 
 
 
1433 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.53 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.11 
 
 
207 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
205 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.11 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 
1367 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 
1367 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.87 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.25 
 
 
1362 aa  73.6  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.11 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.05 
 
 
238 aa  72.4  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.76 
 
 
236 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 
574 aa  70.1  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  25.43 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.98 
 
 
578 aa  69.3  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  28.26 
 
 
226 aa  69.3  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.42 
 
 
1426 aa  68.6  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  25.49 
 
 
203 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.11 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.72 
 
 
205 aa  67.4  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.33 
 
 
1397 aa  67.4  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.07 
 
 
719 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
722 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.65 
 
 
590 aa  65.9  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  28.7 
 
 
613 aa  65.9  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.28 
 
 
233 aa  65.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
706 aa  65.5  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 
921 aa  65.5  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
184 aa  65.1  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  24.1 
 
 
218 aa  63.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  24.04 
 
 
201 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  21.51 
 
 
216 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  25.57 
 
 
222 aa  62.8  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.83 
 
 
1442 aa  62.8  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
220 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  23.38 
 
 
236 aa  62.4  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  22.55 
 
 
203 aa  62.4  0.000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 
242 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
242 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.26 
 
 
1407 aa  62  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  26.02 
 
 
235 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  27.72 
 
 
570 aa  61.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.27 
 
 
232 aa  61.2  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>