More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0238 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 193 aa  208  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 193 aa  200  9e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 193 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 193 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 193 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 193 aa  197  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 193 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 193 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  50.26 
 
 		 193 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 193 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  51.6 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  49.74 
 
 		 193 aa  190  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  48.07 
 
 		 198 aa  177  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 202 aa  89.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  28.34 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 202 aa  89.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  88.2  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 202 aa  87  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  29.1 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 215 aa  84.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 192 aa  84.3  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 190 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  32.74 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  28.57 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 193 aa  72  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 185 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 214 aa  72  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  22.95 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 219 aa  67.8  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.44 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  27.44 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
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NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  27.08 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
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NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  28.07 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
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NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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