155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0403 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 402 aa  817    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  35.31 
 
 		 419 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  30.33 
 
 		 393 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  29.86 
 
 		 427 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.84 
 
 		 388 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  31.38 
 
 		 415 aa  143  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  37.05 
 
 		 562 aa  142  9e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.55 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  29.8 
 
 		 419 aa  126  6e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 417 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  27.62 
 
 		 417 aa  117  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  39.87 
 
 		 368 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.17 
 
 		 422 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.49 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.78 
 
 		 411 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  29.93 
 
 		 363 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 420 aa  99.8  8e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 416 aa  94.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.17 
 
 		 424 aa  94.7  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 		 399 aa  94.4  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.31 
 
 		 412 aa  94.4  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.77 
 
 		 413 aa  94  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  30.22 
 
 		 477 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.69 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 		 438 aa  86.7  8e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.68 
 
 		 425 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  30.48 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 442 aa  84.3  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.46 
 
 		 424 aa  84.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.19 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.04 
 
 		 430 aa  79.7  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.75 
 
 		 400 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.67 
 
 		 453 aa  76.3  0.0000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  29.1 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  30.86 
 
 		 429 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.72 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.43 
 
 		 435 aa  72.8  0.000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 		 434 aa  72.8  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 		 427 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.78 
 
 		 435 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24 
 
 		 423 aa  69.7  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  28.21 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  24 
 
 		 383 aa  69.3  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.89 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.48 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.5 
 
 		 492 aa  65.1  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 435 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.09 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.32 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 374 aa  63.2  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.33 
 
 		 439 aa  62.4  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  38.18 
 
 		 287 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.77 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  22.44 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  27.75 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.77 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.03 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.11 
 
 		 419 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.06 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.09 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.16 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  27.91 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  28.15 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  20.54 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  22.97 
 
 		 364 aa  57.8  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  23.59 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  27.54 
 
 		 438 aa  57  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 374 aa  57  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  22.6 
 
 		 434 aa  56.6  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 		 432 aa  56.6  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  22.94 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  20.68 
 
 		 454 aa  56.2  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.51 
 
 		 442 aa  56.2  0.0000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  21.03 
 
 		 456 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.74 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.84 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  21.74 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 590 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 		 495 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 577 aa  54.7  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.05 
 
 		 457 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 397 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  23.79 
 
 		 407 aa  53.9  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 425 aa  53.9  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  28.87 
 
 		 371 aa  53.5  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.99 
 
 		 423 aa  53.1  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  27.46 
 
 		 576 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.7 
 
 		 416 aa  52.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.72 
 
 		 405 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.99 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>