More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2384 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  70.98 
 
 		 255 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  70.2 
 
 		 255 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  70.31 
 
 		 257 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  69.02 
 
 		 257 aa  348  4e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  67.43 
 
 		 261 aa  340  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  61.57 
 
 		 261 aa  333  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  53.97 
 
 		 249 aa  282  4.0000000000000003e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 249 aa  281  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 246 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  52.55 
 
 		 268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 246 aa  261  8e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 259 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 		 272 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 255 aa  255  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 247 aa  256  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  52.59 
 
 		 260 aa  254  9e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 245 aa  254  9e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  52.59 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  50.4 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 251 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 251 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 251 aa  245  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 247 aa  245  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 		 247 aa  242  5e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  51.41 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  54 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  51.41 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  50.8 
 
 		 254 aa  232  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  51.17 
 
 		 258 aa  231  6e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 		 245 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 253 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 245 aa  228  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  46.99 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  46.8 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  46.83 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 250 aa  222  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  43.95 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  46.88 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  47.41 
 
 		 255 aa  201  9e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.69 
 
 		 289 aa  171  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 351 aa  168  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 267 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 270 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 278 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 274 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 274 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 260 aa  158  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 259 aa  158  8e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 265 aa  156  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>