More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2695 on replicon NC_013930
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013930  TK90_2695  DNA ligase (NAD(+))  100 
 
 
652 aa  1331    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.278401  normal  0.204857 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1230  DNA ligase, NAD-dependent, putative  46.17 
 
 
609 aa  488  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2078  DNA ligase (NAD(+))  46.61 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2336  DNA ligase (NAD(+))  40.3 
 
 
649 aa  452  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.182524  normal  0.116462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2653  DNA ligase (NAD(+))  38.31 
 
 
648 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.869287  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  29.97 
 
 
690 aa  219  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  28.17 
 
 
672 aa  215  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  31.9 
 
 
673 aa  214  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  30.35 
 
 
678 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  28.3 
 
 
674 aa  212  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  28.91 
 
 
677 aa  211  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.26 
 
 
670 aa  209  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  30 
 
 
671 aa  209  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  30.28 
 
 
673 aa  209  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  29.32 
 
 
684 aa  209  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.62 
 
 
673 aa  209  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.97 
 
 
669 aa  207  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  29.33 
 
 
675 aa  207  6e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.08 
 
 
710 aa  206  8e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.35 
 
 
670 aa  205  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  28.04 
 
 
672 aa  206  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  29.7 
 
 
691 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  30.22 
 
 
675 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  30.43 
 
 
706 aa  204  4e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  29.39 
 
 
675 aa  204  6e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.07 
 
 
682 aa  203  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  28.37 
 
 
671 aa  203  8e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
671 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
670 aa  203  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.28 
 
 
680 aa  202  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
670 aa  203  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.62 
 
 
673 aa  202  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
671 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  29.2 
 
 
685 aa  202  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  29.2 
 
 
671 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  29.2 
 
 
671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.32 
 
 
684 aa  201  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.2 
 
 
671 aa  201  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.41 
 
 
671 aa  201  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  29.77 
 
 
705 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  200  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  29.69 
 
 
691 aa  200  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.05 
 
 
671 aa  200  7e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  200  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
691 aa  200  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.28 
 
 
681 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  30.01 
 
 
669 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  29.61 
 
 
668 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  29.39 
 
 
690 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  29.39 
 
 
690 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.89 
 
 
669 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.98 
 
 
671 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.64 
 
 
671 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.94 
 
 
671 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21501  NAD-dependent DNA ligase  26.57 
 
 
690 aa  197  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.786913 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.64 
 
 
671 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.33 
 
 
671 aa  197  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  29.09 
 
 
691 aa  196  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.82 
 
 
679 aa  196  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.96 
 
 
693 aa  195  2e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.51 
 
 
681 aa  195  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  29.52 
 
 
694 aa  195  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  28.29 
 
 
669 aa  194  4e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  28.48 
 
 
689 aa  194  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  29.27 
 
 
689 aa  194  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  29.08 
 
 
699 aa  194  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  29.05 
 
 
670 aa  193  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  27.43 
 
 
699 aa  193  7e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  30.03 
 
 
693 aa  193  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  27.94 
 
 
704 aa  193  8e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  29.79 
 
 
672 aa  193  8e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  27.37 
 
 
681 aa  193  1e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  31.94 
 
 
677 aa  192  1e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  28.02 
 
 
670 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  26.66 
 
 
670 aa  192  2e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  28.53 
 
 
680 aa  192  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  27.5 
 
 
670 aa  192  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  30.13 
 
 
696 aa  191  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  29.06 
 
 
691 aa  191  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  26.66 
 
 
673 aa  191  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.55 
 
 
717 aa  191  4e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  27.41 
 
 
665 aa  191  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  27.52 
 
 
667 aa  190  5.999999999999999e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  27.52 
 
 
667 aa  190  5.999999999999999e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  28.99 
 
 
688 aa  190  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  28.71 
 
 
681 aa  190  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  29.88 
 
 
722 aa  189  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  29.22 
 
 
690 aa  189  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  29.36 
 
 
685 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1066  DNA ligase, NAD-dependent  28.59 
 
 
709 aa  188  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  29.51 
 
 
703 aa  189  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  29.96 
 
 
698 aa  189  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  28.67 
 
 
688 aa  189  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  29.75 
 
 
682 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  29.44 
 
 
720 aa  189  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>