229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4890 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  100 
 
 
299 aa  617  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  51.6 
 
 
300 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  50 
 
 
293 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  50.35 
 
 
301 aa  288  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  51.25 
 
 
287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  46.33 
 
 
309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.35 
 
 
287 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.84 
 
 
293 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.72 
 
 
294 aa  281  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  51.42 
 
 
303 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  50.53 
 
 
279 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.12 
 
 
309 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.35 
 
 
301 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  48.94 
 
 
287 aa  279  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  50 
 
 
290 aa  278  6e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.69 
 
 
290 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.82 
 
 
301 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  49.47 
 
 
302 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.69 
 
 
290 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.86 
 
 
297 aa  277  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  48.75 
 
 
289 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.89 
 
 
295 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.54 
 
 
293 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.06 
 
 
304 aa  270  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  48.21 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.88 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.64 
 
 
303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  51.91 
 
 
276 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  49.8 
 
 
278 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  50.18 
 
 
296 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  45.82 
 
 
306 aa  255  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  48.24 
 
 
283 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  47.78 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00764  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14270)  43 
 
 
329 aa  226  4e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  44.98 
 
 
328 aa  224  1e-57  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09363  conserved hypothetical protein  40 
 
 
334 aa  218  1e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0417732 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.54 
 
 
287 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.5 
 
 
312 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40 
 
 
312 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  38.79 
 
 
307 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.86 
 
 
288 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.34 
 
 
300 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.1 
 
 
287 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.52 
 
 
317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.76 
 
 
296 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.01 
 
 
297 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.3 
 
 
297 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  35.48 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  36.4 
 
 
295 aa  180  2e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  36.84 
 
 
297 aa  178  9e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  33.69 
 
 
311 aa  177  2e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  35 
 
 
313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.93 
 
 
275 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  32.41 
 
 
311 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
311 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  30.6 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  33.21 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  31.82 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  33.95 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.8 
 
 
308 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2683  catechol 1,2-dioxygenase  33.21 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  32.16 
 
 
301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3166  catechol 1,2-dioxygenase  32.64 
 
 
304 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.601701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  33.95 
 
 
310 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  32.64 
 
 
290 aa  126  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2549  catechol 1,2-dioxygenase  32.29 
 
 
304 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.806201  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  30.74 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  30.18 
 
 
304 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6466  chlorocatechol 1,2-dioxygenase  32.47 
 
 
255 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  29.97 
 
 
313 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  31.9 
 
 
287 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  31.84 
 
 
304 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  31.25 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  29.21 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  30.34 
 
 
260 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  30.55 
 
 
307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1294  catechol 1,2-dioxygenase  33.73 
 
 
283 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6473  catechol dioxygenase, N-terminal  31.15 
 
 
253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  29.51 
 
 
309 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1358  catechol 1,2-dioxygenase  34.6 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206234  normal  0.156449 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  28.52 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1427  catechol 1,2-dioxygenase  30.26 
 
 
311 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.322187 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  33.06 
 
 
287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1376  catechol 1,2-dioxygenase  33.06 
 
 
287 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  33.2 
 
 
308 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1394  catechol 1,2-dioxygenase  33.06 
 
 
287 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127485  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1363  catechol 1,2-dioxygenase  30.45 
 
 
311 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  0.0619689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  29.47 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  27.37 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  30 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  28.47 
 
 
311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1590  catechol 1,2-dioxygenase  29.92 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31335  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6300  catechol 1,2-dioxygenase  29.74 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00636694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1307  catechol 1,2-dioxygenase  29.21 
 
 
316 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6523  catechol 1,2-dioxygenase  29.21 
 
 
316 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.15 
 
 
307 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6130  catechol 1,2-dioxygenase  29.85 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  26.86 
 
 
305 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  31.94 
 
 
287 aa  109  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6585  catechol 1,2-dioxygenase  29.37 
 
 
314 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>