233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5062 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  100 
 
 
296 aa  607  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  79 
 
 
293 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  75.7 
 
 
290 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  75.7 
 
 
290 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  76.41 
 
 
309 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  69.26 
 
 
296 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  50 
 
 
279 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.06 
 
 
300 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.34 
 
 
294 aa  265  7e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.75 
 
 
295 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  50 
 
 
290 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  50.17 
 
 
283 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  50 
 
 
299 aa  261  8e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  49.46 
 
 
276 aa  260  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  47.55 
 
 
293 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.18 
 
 
287 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  49.65 
 
 
306 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  47.74 
 
 
309 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50 
 
 
301 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.97 
 
 
293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.53 
 
 
287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.97 
 
 
308 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  49.47 
 
 
302 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  47.87 
 
 
301 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  47.69 
 
 
287 aa  248  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.12 
 
 
301 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  47.18 
 
 
303 aa  244  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  49.28 
 
 
278 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  46.5 
 
 
289 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.21 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.39 
 
 
297 aa  228  7e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.33 
 
 
303 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  43.52 
 
 
306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40.78 
 
 
288 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00764  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14270)  41.58 
 
 
329 aa  216  5e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09363  conserved hypothetical protein  43.32 
 
 
334 aa  214  9.999999999999999e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0417732 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  40.96 
 
 
328 aa  213  1.9999999999999998e-54  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.58 
 
 
312 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.26 
 
 
300 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  39.93 
 
 
307 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  39.05 
 
 
295 aa  203  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.86 
 
 
287 aa  201  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  39.65 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.6 
 
 
297 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.71 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.67 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.51 
 
 
312 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.02 
 
 
287 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40 
 
 
297 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  37.33 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  35.13 
 
 
311 aa  182  8.000000000000001e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  36.25 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.39 
 
 
317 aa  168  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  33.09 
 
 
300 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  33.46 
 
 
300 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  34.49 
 
 
313 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  33.92 
 
 
309 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
304 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  32.87 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
304 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  35.21 
 
 
310 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4961  catechol 1,2-dioxygenase  31.85 
 
 
300 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
302 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  34.86 
 
 
310 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4594  catechol 1,2-dioxygenase  32.22 
 
 
300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3754  catechol 1,2-dioxygenase  32.22 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407559  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3769  catechol 1,2-dioxygenase  32.22 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0354722  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  32.99 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2329  catechol dioxygenase  31.48 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3661  catechol 1,2-dioxygenase  31.25 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245457  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5498  catechol 1,2-dioxygenase  30.74 
 
 
300 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  32.99 
 
 
304 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  36.26 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  33.82 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  32.96 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  33.68 
 
 
311 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  34.32 
 
 
311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1376  catechol 1,2-dioxygenase  35.9 
 
 
287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1394  catechol 1,2-dioxygenase  35.9 
 
 
287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127485  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  32.59 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
290 aa  139  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  33.58 
 
 
287 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  31.37 
 
 
304 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  32.72 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  31.49 
 
 
307 aa  136  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  33.95 
 
 
311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  35.06 
 
 
301 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  30.71 
 
 
310 aa  133  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  30.8 
 
 
311 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1427  catechol 1,2-dioxygenase  30.36 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.322187 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.12 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1358  catechol 1,2-dioxygenase  34.19 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206234  normal  0.156449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.99 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  31.62 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  30.24 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1867  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.21 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>