243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3713 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  100 
 
 
311 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  98.39 
 
 
311 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  95.5 
 
 
311 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  78.21 
 
 
308 aa  500  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  78.91 
 
 
304 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2683  catechol 1,2-dioxygenase  75.96 
 
 
304 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2549  catechol 1,2-dioxygenase  76.92 
 
 
304 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.806201  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3166  catechol 1,2-dioxygenase  76.92 
 
 
304 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.601701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  75.96 
 
 
304 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  76.77 
 
 
310 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  75.81 
 
 
310 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  70.87 
 
 
301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  57.33 
 
 
305 aa  362  5.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  58.86 
 
 
309 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  58.09 
 
 
313 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  56.57 
 
 
305 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  57.86 
 
 
302 aa  334  9e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  56.86 
 
 
302 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  54.73 
 
 
305 aa  324  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  53.18 
 
 
304 aa  318  6e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  52.12 
 
 
308 aa  318  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4402  catechol dioxygenase, N-terminal  56.69 
 
 
307 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  51.85 
 
 
300 aa  316  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4881  Catechol 1,2-dioxygenase  55.41 
 
 
307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.494696 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  51.77 
 
 
312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  51.3 
 
 
310 aa  309  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2329  catechol dioxygenase  54.93 
 
 
300 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  54.93 
 
 
300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  54.93 
 
 
300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  56.02 
 
 
307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  54.93 
 
 
300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  54.93 
 
 
300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4594  catechol 1,2-dioxygenase  55.28 
 
 
300 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3754  catechol 1,2-dioxygenase  55.28 
 
 
300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407559  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3769  catechol 1,2-dioxygenase  55.28 
 
 
300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0354722  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 
300 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  51.45 
 
 
311 aa  305  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4961  catechol 1,2-dioxygenase  54.26 
 
 
300 aa  305  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  54.61 
 
 
300 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3661  catechol 1,2-dioxygenase  53.55 
 
 
300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245457  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5498  catechol 1,2-dioxygenase  53.19 
 
 
300 aa  299  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1427  catechol 1,2-dioxygenase  47.92 
 
 
311 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.322187 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1363  catechol 1,2-dioxygenase  47.6 
 
 
311 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  0.0619689 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.33 
 
 
307 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1867  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.71 
 
 
304 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.99 
 
 
307 aa  280  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3830  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.87 
 
 
298 aa  274  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154107  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1307  catechol 1,2-dioxygenase  48.08 
 
 
316 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6523  catechol 1,2-dioxygenase  48.08 
 
 
316 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1590  catechol 1,2-dioxygenase  48.39 
 
 
311 aa  268  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31335  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6585  catechol 1,2-dioxygenase  49.35 
 
 
314 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2116  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.75 
 
 
304 aa  266  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160413  normal  0.283924 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6300  catechol 1,2-dioxygenase  49.2 
 
 
317 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00636694 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7045  catechol 1,2-dioxygenase  48.88 
 
 
314 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.274631 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6130  catechol 1,2-dioxygenase  48.99 
 
 
316 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  31.36 
 
 
302 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.26 
 
 
301 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.93 
 
 
312 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.22 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.56 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.33 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.09 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  30.51 
 
 
311 aa  140  3e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.83 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.67 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  34.32 
 
 
296 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  35.02 
 
 
296 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  31.9 
 
 
309 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  32.35 
 
 
307 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
299 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  34.94 
 
 
295 aa  136  5e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.95 
 
 
297 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.81 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  33.92 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  32.07 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.67 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.53 
 
 
293 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  32.66 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  33.07 
 
 
278 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  31.69 
 
 
297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.93 
 
 
297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.47 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  33.62 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  31.37 
 
 
287 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.33 
 
 
312 aa  125  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.01 
 
 
300 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6466  chlorocatechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
255 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  30.18 
 
 
293 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.14 
 
 
287 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  30.83 
 
 
283 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.58 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.82 
 
 
287 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  30.2 
 
 
313 aa  119  6e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  30.8 
 
 
290 aa  119  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  40.62 
 
 
287 aa  119  7.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.12 
 
 
288 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  34.58 
 
 
276 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  31.33 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>