246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2210 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  100 
 
 
302 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  89.66 
 
 
301 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  83.39 
 
 
301 aa  530  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  78.15 
 
 
303 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  74.84 
 
 
306 aa  484  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.01 
 
 
300 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.17 
 
 
287 aa  285  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  49.65 
 
 
299 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  48.81 
 
 
293 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  50.34 
 
 
279 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.3 
 
 
294 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  50.76 
 
 
276 aa  266  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  47.75 
 
 
290 aa  265  8e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.65 
 
 
287 aa  262  6e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  46.88 
 
 
301 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  55.38 
 
 
290 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  51.77 
 
 
290 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  46.74 
 
 
309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.81 
 
 
297 aa  258  9e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  46.5 
 
 
289 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  53.31 
 
 
309 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  49.62 
 
 
278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.42 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.15 
 
 
304 aa  249  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.32 
 
 
303 aa  249  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.1 
 
 
295 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  45.83 
 
 
287 aa  248  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.59 
 
 
293 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  49.65 
 
 
296 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.64 
 
 
293 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  49.62 
 
 
283 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  42.05 
 
 
306 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  43.43 
 
 
328 aa  226  4e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.32 
 
 
312 aa  225  7e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09363  conserved hypothetical protein  42.11 
 
 
334 aa  218  8.999999999999998e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0417732 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  39.04 
 
 
307 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00764  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14270)  40.35 
 
 
329 aa  216  5e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.08 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  44.76 
 
 
296 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.75 
 
 
297 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.93 
 
 
297 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.8 
 
 
288 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  39.36 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.99 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.97 
 
 
287 aa  198  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  37.67 
 
 
297 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.79 
 
 
317 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  35.89 
 
 
295 aa  189  4e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.61 
 
 
287 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.39 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  35.64 
 
 
297 aa  181  2e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.76 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  34.19 
 
 
308 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  34.71 
 
 
309 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  34.92 
 
 
310 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  31.6 
 
 
313 aa  150  3e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  34.63 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  34.59 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  32.3 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  32.53 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  31.36 
 
 
311 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3166  catechol 1,2-dioxygenase  31.06 
 
 
304 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.601701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  33.58 
 
 
304 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2549  catechol 1,2-dioxygenase  32.26 
 
 
304 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.806201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  31.1 
 
 
305 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  31.82 
 
 
310 aa  142  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.03 
 
 
308 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  30.42 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  31.69 
 
 
311 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  32.59 
 
 
297 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2683  catechol 1,2-dioxygenase  31.72 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  33.08 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1867  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.53 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1358  catechol 1,2-dioxygenase  32.97 
 
 
292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206234  normal  0.156449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  32.58 
 
 
305 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.23 
 
 
307 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.23 
 
 
307 aa  132  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4881  Catechol 1,2-dioxygenase  31.48 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.494696 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2116  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.2 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160413  normal  0.283924 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  31.51 
 
 
300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  34.3 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1376  catechol 1,2-dioxygenase  34.3 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  30.71 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1394  catechol 1,2-dioxygenase  34.3 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127485  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1294  catechol 1,2-dioxygenase  32.71 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  29.09 
 
 
312 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  31.87 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  30.95 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  28.88 
 
 
307 aa  125  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4402  catechol dioxygenase, N-terminal  31.12 
 
 
307 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  29.59 
 
 
300 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  29.79 
 
 
302 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  29.92 
 
 
311 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>