237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1912 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  100 
 
 
312 aa  634    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  79.81 
 
 
307 aa  508  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  58.68 
 
 
300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  58.5 
 
 
287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.42 
 
 
288 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  53.04 
 
 
312 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.94 
 
 
297 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.58 
 
 
297 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.42 
 
 
317 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  47.28 
 
 
297 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  44.07 
 
 
296 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  44.95 
 
 
294 aa  246  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.1 
 
 
287 aa  245  6e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  43.57 
 
 
301 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  41.87 
 
 
289 aa  239  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  45.1 
 
 
287 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  45.21 
 
 
309 aa  232  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  43.53 
 
 
279 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  44.68 
 
 
290 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  40.7 
 
 
293 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  43.11 
 
 
293 aa  225  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  43.16 
 
 
308 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40.71 
 
 
295 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  41.5 
 
 
311 aa  220  3e-56  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  39.5 
 
 
299 aa  215  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.91 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.47 
 
 
293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  41.13 
 
 
283 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  41.28 
 
 
276 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.57 
 
 
301 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.86 
 
 
290 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.65 
 
 
309 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  39.64 
 
 
296 aa  208  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40.69 
 
 
300 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  39.27 
 
 
278 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  39.66 
 
 
303 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  36.99 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.26 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  37.67 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.79 
 
 
297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40.75 
 
 
287 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  40.49 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.41 
 
 
301 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.7 
 
 
304 aa  192  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  40.93 
 
 
303 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  39.83 
 
 
313 aa  188  8e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  39.51 
 
 
297 aa  188  1e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  36.88 
 
 
306 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  33.97 
 
 
328 aa  185  7e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  38.25 
 
 
296 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09363  conserved hypothetical protein  34.18 
 
 
334 aa  179  5.999999999999999e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0417732 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00764  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14270)  36.03 
 
 
329 aa  176  4e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.48 
 
 
275 aa  170  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  35.64 
 
 
305 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  36.55 
 
 
305 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  34.32 
 
 
311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  34.88 
 
 
300 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  34.93 
 
 
311 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  35.31 
 
 
304 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4961  catechol 1,2-dioxygenase  35.64 
 
 
300 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2329  catechol dioxygenase  35.64 
 
 
300 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4594  catechol 1,2-dioxygenase  35.34 
 
 
300 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  30.94 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3754  catechol 1,2-dioxygenase  36.62 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407559  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3769  catechol 1,2-dioxygenase  36.62 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0354722  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  35.82 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  34.56 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  33.46 
 
 
301 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  35.69 
 
 
300 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  35.82 
 
 
302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  34.4 
 
 
313 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5498  catechol 1,2-dioxygenase  34.6 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3661  catechol 1,2-dioxygenase  34.6 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245457  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  34.32 
 
 
307 aa  138  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  32.19 
 
 
311 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4881  Catechol 1,2-dioxygenase  34.48 
 
 
307 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.494696 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  32.74 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  33.83 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.76 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  30.55 
 
 
305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.41 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4402  catechol dioxygenase, N-terminal  33.94 
 
 
307 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  33.08 
 
 
310 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31 
 
 
308 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1867  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.85 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  34.73 
 
 
310 aa  129  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  32.59 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2116  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.49 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160413  normal  0.283924 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1427  catechol 1,2-dioxygenase  31.51 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.322187 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  32.21 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6466  chlorocatechol 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 
255 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  30.69 
 
 
304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>