235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5041 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  100 
 
 
296 aa  610  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  71.53 
 
 
297 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  73.56 
 
 
297 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  74.24 
 
 
297 aa  465  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  56.61 
 
 
317 aa  349  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  55.18 
 
 
312 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.69 
 
 
300 aa  282  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.95 
 
 
288 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  45.42 
 
 
287 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  43.96 
 
 
307 aa  258  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  44.07 
 
 
312 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.46 
 
 
290 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.46 
 
 
290 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  39.57 
 
 
279 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  42.06 
 
 
293 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2816  putative catechol 1,2-dioxygenase  38.14 
 
 
306 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.65 
 
 
287 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.98 
 
 
293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  37.63 
 
 
293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  40.91 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  41.67 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.18 
 
 
300 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2441  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.97 
 
 
301 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  37.85 
 
 
294 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  37.76 
 
 
299 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.93 
 
 
308 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  36.25 
 
 
311 aa  192  5e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  37.32 
 
 
301 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  38.93 
 
 
276 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.7 
 
 
309 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3196  catechol 1,2-dioxygenase  36.82 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42127  normal  0.302441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  36.88 
 
 
287 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  38.72 
 
 
297 aa  188  7e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.07 
 
 
295 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  37.36 
 
 
309 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  38.57 
 
 
283 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  36.01 
 
 
290 aa  186  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2210  catechol 1,2-dioxygenase  36.39 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0438906  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  38.08 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  36.27 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3255  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.71 
 
 
301 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  37.11 
 
 
278 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.15 
 
 
287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.21 
 
 
287 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  37.25 
 
 
328 aa  178  1e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  38.67 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09363  conserved hypothetical protein  36.47 
 
 
334 aa  170  2e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0417732 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.6 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.48 
 
 
303 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00764  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14270)  33.86 
 
 
329 aa  157  2e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.87 
 
 
304 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.72 
 
 
275 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  29 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  33.05 
 
 
290 aa  135  9e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3661  catechol 1,2-dioxygenase  29.24 
 
 
300 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245457  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2329  catechol dioxygenase  30.07 
 
 
300 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5498  catechol 1,2-dioxygenase  29.24 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  31.25 
 
 
301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4961  catechol 1,2-dioxygenase  29.51 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4594  catechol 1,2-dioxygenase  29.73 
 
 
300 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3754  catechol 1,2-dioxygenase  29.73 
 
 
300 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407559  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3769  catechol 1,2-dioxygenase  29.73 
 
 
300 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0354722  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  30.36 
 
 
305 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  30.61 
 
 
300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  29.05 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  32.51 
 
 
287 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  32.91 
 
 
287 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1294  catechol 1,2-dioxygenase  33.91 
 
 
283 aa  124  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  29.18 
 
 
302 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  29.33 
 
 
302 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  28.93 
 
 
304 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1376  catechol 1,2-dioxygenase  32.19 
 
 
287 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1394  catechol 1,2-dioxygenase  32.19 
 
 
287 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127485  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.5 
 
 
307 aa  122  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  29.58 
 
 
311 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  31.09 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  32.22 
 
 
287 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  28.75 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  29.58 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  29.96 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.67 
 
 
307 aa  119  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  28.37 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  29.32 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  29.05 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1268  catechol 1,2-dioxygenase  28.25 
 
 
307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.304103  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1358  catechol 1,2-dioxygenase  40.38 
 
 
292 aa  115  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206234  normal  0.156449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  29.51 
 
 
304 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.31 
 
 
308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4270  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  31.74 
 
 
277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.760341  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  29.73 
 
 
311 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2703  catechol 1,2-dioxygenase  28.97 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.49188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  32.63 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1176  catechol 1,2-dioxygenase  30.74 
 
 
312 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.598074  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>