228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4270 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4270  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  100 
 
 
277 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.760341  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.79 
 
 
297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8639  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.98 
 
 
297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591045  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5041  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.74 
 
 
296 aa  115  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193413  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3128  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.61 
 
 
317 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.886792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7639  catechol 1,2-dioxygenase  31.11 
 
 
297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5541  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.17 
 
 
287 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000749052  hitchhiker  0.0000194786 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1782  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.6 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0988363  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  32.64 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  32.9 
 
 
309 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4739  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.66 
 
 
312 aa  109  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.05 
 
 
312 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08566  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G03030)  25.82 
 
 
313 aa  105  8e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476147  normal  0.197205 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  34.07 
 
 
307 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04532  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  31.2 
 
 
295 aa  104  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00712197 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0357  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.47 
 
 
288 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.96 
 
 
300 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4357  catechol 1,2-dioxygenase  31.82 
 
 
304 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3333  catechol 1,2-dioxygenase  28.84 
 
 
293 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12775  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4028  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08998  catechol dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G02910)  31.37 
 
 
297 aa  102  8e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6466  chlorocatechol 1,2-dioxygenase  31.06 
 
 
255 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.74 
 
 
290 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  28.12 
 
 
305 aa  99.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2064  catechol 1,2-dioxygenase  28.57 
 
 
279 aa  99.4  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00741411  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.62 
 
 
293 aa  99  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  32.11 
 
 
287 aa  99  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52208  hydroxyquinol 1,2- dioxygenase  26.74 
 
 
311 aa  99.4  7e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.833687  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.87 
 
 
290 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1328  catechol 1,2-dioxygenase  32.3 
 
 
313 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27374  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1587  catechol 1,2-dioxygenase  27.87 
 
 
276 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4613  catechol 1,2-dioxygenase  28.79 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319589  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1705  catechol dioxygenase, N-terminal  31.98 
 
 
305 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4340  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.76 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.362809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2109  catechol 1,2-dioxygenase (CatA)  31.46 
 
 
302 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2152  catechol 1,2-dioxygenase  31.46 
 
 
302 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.97 
 
 
275 aa  92.4  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  29.54 
 
 
297 aa  92  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4137  catechol 1,2-dioxygenase  29.06 
 
 
301 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  28.87 
 
 
287 aa  89.7  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2206  catechol 1,2-dioxygenase  29.44 
 
 
311 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.400147  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  31.36 
 
 
260 aa  89.4  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  28.97 
 
 
311 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1133  catechol 1,2-dioxygenase  27.89 
 
 
308 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3907  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  27.8 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5533  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.63 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247277  hitchhiker  0.00000648247 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4890  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  28.63 
 
 
299 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352228  normal  0.0244252 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.73 
 
 
309 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3313  catechol 1,2-dioxygenase  31.03 
 
 
301 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0277035  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  28.97 
 
 
311 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7443  dioxygenase  29.65 
 
 
278 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.544138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32240  catechol 1,2-dioxygenase  30.05 
 
 
310 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  28.92 
 
 
287 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5062  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  29.36 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000399441  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6473  catechol dioxygenase, N-terminal  27.94 
 
 
253 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  30.18 
 
 
309 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5728  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  29.44 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1781  catechol 1,2-dioxygenase  29.95 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0645498  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0160  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.45 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1376  catechol 1,2-dioxygenase  27.71 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1394  catechol 1,2-dioxygenase  27.71 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127485  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0142  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.02 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38162  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4961  catechol 1,2-dioxygenase  30.05 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2567  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3754  catechol 1,2-dioxygenase  30.99 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407559  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4594  catechol 1,2-dioxygenase  30.99 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3769  catechol 1,2-dioxygenase  30.99 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0354722  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2711  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999962  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0199  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2732  catechol 1,2-dioxygenase  29.58 
 
 
310 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0230  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1374  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1571  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4404  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.63 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128185  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62287  6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase  26.27 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0987  catechol 1,2-dioxygenase  34.39 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1867  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.39 
 
 
304 aa  83.2  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5652  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  29.64 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0484  catechol 1,2-dioxygenase  31.39 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5498  catechol 1,2-dioxygenase  30.14 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5310  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  27.49 
 
 
289 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123777  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2329  catechol dioxygenase  30.18 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0977  catechol 1,2-dioxygenase  28.19 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.705538  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1327  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.24 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.377369 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0834  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.84 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2116  intradiol ring-cleavage dioxygenase  26.45 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160413  normal  0.283924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2683  catechol 1,2-dioxygenase  28.44 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3661  catechol 1,2-dioxygenase  30.14 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245457  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.67 
 
 
300 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4566  intradiol ring-cleavage dioxygenase  26.12 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.395963 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6138  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.8 
 
 
287 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2327  catechol 1,2-dioxygenase  27.98 
 
 
304 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3166  catechol 1,2-dioxygenase  27.46 
 
 
304 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.601701 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3237  catechol 1,2-dioxygenase  27.31 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315319 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4110  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  26.77 
 
 
287 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2961  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.16 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4569  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.38 
 
 
304 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.471867 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1294  catechol 1,2-dioxygenase  26.72 
 
 
283 aa  77  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.3 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1358  catechol 1,2-dioxygenase  28.46 
 
 
292 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206234  normal  0.156449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>