77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3896 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 224 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  41.07 
 
 		 199 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  39.19 
 
 		 176 aa  136  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  36.49 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  35.91 
 
 		 181 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  34.55 
 
 		 181 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  34.23 
 
 		 175 aa  99.4  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  35.2 
 
 		 190 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  35.09 
 
 		 190 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  34.68 
 
 		 190 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 185 aa  92.4  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 173 aa  92.4  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  29.13 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  25.34 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  26.8 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 176 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  27.93 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  24.56 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  31.52 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  33.33 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  28.07 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  30.59 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  28.4 
 
 		 174 aa  54.7  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  27.98 
 
 		 176 aa  52.8  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  28.07 
 
 		 177 aa  52  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  26.73 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  26.73 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  26.73 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  26.73 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  26.73 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 176 aa  50.8  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  26.73 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.24 
 
 		 178 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  31.21 
 
 		 176 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 176 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  35.09 
 
 		 176 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  22.49 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  30 
 
 		 176 aa  48.9  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  23.33 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 184 aa  47.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 179 aa  47.4  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  27.27 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.31 
 
 		 189 aa  47  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  27.75 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  29.24 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  30.64 
 
 		 176 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  23.23 
 
 		 186 aa  45.8  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 176 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 176 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  24.42 
 
 		 191 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  26.82 
 
 		 190 aa  45.1  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  27.83 
 
 		 176 aa  44.3  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  26.59 
 
 		 183 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  27.91 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 180 aa  43.5  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 174 aa  42.7  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 184 aa  42.7  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  23.98 
 
 		 178 aa  42.4  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  26.45 
 
 		 199 aa  42  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 182 aa  41.6  0.01  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>