290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2959 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1688  TrkA domain-containing protein  89.74 
 
 		 575 aa  998    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2986  TrkA domain-containing protein  89.91 
 
 		 575 aa  1019    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2959  TrkA domain-containing protein  100 
 
 		 575 aa  1146    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0799  potasium uptake protein  59.16 
 
 		 575 aa  659    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1424  TrkA domain-containing protein  84.7 
 
 		 575 aa  938    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0976124  normal  0.0212336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2144  putative transporter  52.87 
 
 		 575 aa  578  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1647  TrkA-C  49.57 
 
 		 575 aa  525  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02717  putative transporter  49.03 
 
 		 574 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0665  TrkA domain-containing protein  47.28 
 
 		 574 aa  458  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1499  TrkA-C domain protein  45.26 
 
 		 579 aa  455  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0961  TrkA-C  44.58 
 
 		 574 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3041  TrkA domain-containing protein  47.01 
 
 		 574 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3185  TrkA domain-containing protein  46.1 
 
 		 574 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0422  ion transporter superfamily protein  44.48 
 
 		 575 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0964  TrkA domain-containing protein  47.39 
 
 		 574 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0956  TrkA-C domain protein  47.39 
 
 		 574 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001705  sulfate permease Trk-type  43.13 
 
 		 574 aa  422  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3406  TrkA domain-containing protein  47.39 
 
 		 574 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0930  TrkA domain-containing protein  47.39 
 
 		 574 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3070  TrkA domain-containing protein  47.12 
 
 		 574 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.748598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0902  TrkA domain-containing protein  47.64 
 
 		 574 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0865  TrkA domain-containing protein  46.95 
 
 		 574 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1395  TrkA-C domain protein  45.45 
 
 		 578 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.096414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00768  hypothetical protein  42.36 
 
 		 574 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2889  putative sodium/sulfate symporter  41.81 
 
 		 583 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  37.04 
 
 		 591 aa  362  1e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  35.81 
 
 		 589 aa  334  3e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  33.95 
 
 		 589 aa  327  4.0000000000000003e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  34.82 
 
 		 588 aa  319  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  33.39 
 
 		 588 aa  317  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  34.86 
 
 		 588 aa  314  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  34.01 
 
 		 588 aa  312  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  34.64 
 
 		 588 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  33.95 
 
 		 592 aa  283  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1749  TrkA-C domain protein  33.84 
 
 		 593 aa  279  8e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.123967  normal  0.0276756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  33.7 
 
 		 587 aa  277  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  32.43 
 
 		 591 aa  271  2e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2448  TrkA domain-containing protein  36.71 
 
 		 575 aa  271  2.9999999999999997e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_1343  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  32.33 
 
 		 583 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.351628  normal  0.572139 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  30.02 
 
 		 597 aa  226  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  31.64 
 
 		 601 aa  223  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  31.38 
 
 		 596 aa  223  9e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39202  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  30.78 
 
 		 634 aa  222  9.999999999999999e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.21287 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  30.7 
 
 		 623 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  30.14 
 
 		 598 aa  221  3e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.29 
 
 		 627 aa  215  9.999999999999999e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  28.72 
 
 		 596 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_22453  predicted protein  31.13 
 
 		 622 aa  214  2.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  29.05 
 
 		 588 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  28.89 
 
 		 596 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  30.72 
 
 		 622 aa  213  7e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  27.57 
 
 		 602 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  27.41 
 
 		 596 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  30.23 
 
 		 618 aa  205  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  27.86 
 
 		 592 aa  204  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  29.37 
 
 		 596 aa  204  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  29.23 
 
 		 605 aa  203  5e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  27.46 
 
 		 592 aa  203  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00951  DASS family sodium/sulfate transporter  29.2 
 
 		 602 aa  203  8e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.8674  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  30.76 
 
 		 605 aa  202  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  29.2 
 
 		 592 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  27.35 
 
 		 592 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  29.06 
 
 		 605 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  29.64 
 
 		 593 aa  200  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0086  DASS family sodium/sulfate transporter  29.18 
 
 		 602 aa  199  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.121034  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  29.43 
 
 		 609 aa  199  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00961  DASS family sodium/sulfate transporter  28.86 
 
 		 602 aa  199  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.531259  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  28.4 
 
 		 588 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02561  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  30.85 
 
 		 606 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  28.32 
 
 		 608 aa  195  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  26.8 
 
 		 592 aa  193  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  30.28 
 
 		 607 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_14922  predicted protein  31.12 
 
 		 572 aa  192  2e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  28.92 
 
 		 624 aa  190  5e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00931  DASS family sodium/sulfate transporter  29.85 
 
 		 602 aa  187  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.490599  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  28.85 
 
 		 616 aa  184  5.0000000000000004e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  28.17 
 
 		 621 aa  179  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  27.75 
 
 		 609 aa  177  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  25.69 
 
 		 613 aa  175  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  27.03 
 
 		 588 aa  174  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2766  uncharacterized transporter  28.69 
 
 		 599 aa  171  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.14891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  28.72 
 
 		 599 aa  170  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12848  trkA domain protein  28.98 
 
 		 469 aa  170  8e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  29.59 
 
 		 620 aa  169  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  28.83 
 
 		 613 aa  168  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  27.2 
 
 		 609 aa  164  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  27.34 
 
 		 612 aa  164  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  26.76 
 
 		 632 aa  160  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  25.93 
 
 		 610 aa  160  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1598  TrkA-C domain protein  26.53 
 
 		 593 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.332959  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  25.93 
 
 		 610 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  25.93 
 
 		 630 aa  159  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  26.72 
 
 		 616 aa  159  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  30.39 
 
 		 581 aa  158  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2162  TrkA-C  26.02 
 
 		 590 aa  158  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  27.39 
 
 		 611 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  26.97 
 
 		 614 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  26.69 
 
 		 593 aa  157  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  26.08 
 
 		 590 aa  157  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  27.51 
 
 		 588 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.270023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>