More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4140 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  79.62 
 
 		 695 aa  1142    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  74.35 
 
 		 695 aa  1116    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 693 aa  1434    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  73.92 
 
 		 696 aa  1105    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 655 aa  187  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 643 aa  165  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  26.85 
 
 		 638 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  27.01 
 
 		 640 aa  161  4e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  24.05 
 
 		 686 aa  160  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 657 aa  159  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 655 aa  157  6e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 664 aa  157  7e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 657 aa  156  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 651 aa  156  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 729 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 658 aa  153  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 658 aa  152  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 656 aa  152  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 633 aa  151  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 659 aa  151  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.67 
 
 		 633 aa  149  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 735 aa  140  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 645 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 642 aa  140  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 682 aa  139  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  28.87 
 
 		 765 aa  139  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 635 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  24.02 
 
 		 635 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 		 645 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 589 aa  137  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 		 589 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.3 
 
 		 679 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.44 
 
 		 626 aa  131  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 757 aa  130  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 579 aa  127  7e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 735 aa  127  9e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 579 aa  126  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 643 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 584 aa  124  5e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 664 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  24.2 
 
 		 641 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 578 aa  120  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 728 aa  117  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  23.56 
 
 		 638 aa  117  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 		 607 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 727 aa  115  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 		 607 aa  114  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 655 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 639 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.89 
 
 		 671 aa  112  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 		 573 aa  108  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  21.87 
 
 		 580 aa  107  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  24.75 
 
 		 578 aa  107  7e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 		 584 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 591 aa  100  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 595 aa  99.4  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 581 aa  97.4  7e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  25.04 
 
 		 577 aa  95.1  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 587 aa  95.1  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  23.79 
 
 		 587 aa  93.2  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  23.28 
 
 		 645 aa  92  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 594 aa  90.5  8e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  28.72 
 
 		 581 aa  90.9  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  22.9 
 
 		 577 aa  89.7  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.74 
 
 		 588 aa  87  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.54 
 
 		 556 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 536 aa  85.5  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 618 aa  84  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.75 
 
 		 516 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  24.19 
 
 		 562 aa  83.6  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  24.3 
 
 		 572 aa  82.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 541 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0756  extracellular solute-binding protein family 5  25.19 
 
 		 549 aa  82  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  24.46 
 
 		 529 aa  82  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 541 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  24.84 
 
 		 587 aa  80.5  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.84 
 
 		 541 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 		 534 aa  80.1  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 529 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  25.07 
 
 		 615 aa  79.3  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 559 aa  79.3  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 565 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 621 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  22.5 
 
 		 605 aa  79  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  24.12 
 
 		 538 aa  79  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  21.84 
 
 		 551 aa  79  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 535 aa  79  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  23.88 
 
 		 537 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 535 aa  78.2  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 		 603 aa  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 517 aa  77.8  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 		 580 aa  77.4  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 		 580 aa  77.4  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.56 
 
 		 531 aa  77  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  24.19 
 
 		 529 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  31.38 
 
 		 555 aa  77  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 544 aa  76.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  20.88 
 
 		 540 aa  76.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  22.06 
 
 		 512 aa  75.1  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>