More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0381 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  79.53 
 
 		 470 aa  782    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.03 
 
 		 472 aa  736    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  76.47 
 
 		 471 aa  749    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.12 
 
 		 470 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  75.54 
 
 		 473 aa  736    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.25 
 
 		 471 aa  730    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  78.86 
 
 		 475 aa  775    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  75.54 
 
 		 473 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 468 aa  964    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.25 
 
 		 471 aa  742    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  75.58 
 
 		 472 aa  742    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.25 
 
 		 471 aa  742    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  76.92 
 
 		 469 aa  759    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.03 
 
 		 471 aa  743    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  73.09 
 
 		 469 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.47 
 
 		 472 aa  738    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  42.86 
 
 		 445 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  41.69 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  42.35 
 
 		 436 aa  378  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  39.17 
 
 		 437 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  41.88 
 
 		 423 aa  360  3e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  40.9 
 
 		 425 aa  360  4e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  40 
 
 		 440 aa  355  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.12 
 
 		 501 aa  328  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.21 
 
 		 431 aa  301  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  40.64 
 
 		 430 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.23 
 
 		 445 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.83 
 
 		 450 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.73 
 
 		 450 aa  286  5e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.19 
 
 		 441 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.16 
 
 		 450 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.28 
 
 		 451 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.02 
 
 		 457 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.6 
 
 		 452 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.64 
 
 		 442 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.6 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.6 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.94 
 
 		 452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  34.62 
 
 		 574 aa  263  4.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  34.24 
 
 		 574 aa  263  6.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.25 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.47 
 
 		 457 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.29 
 
 		 609 aa  231  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.72 
 
 		 484 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.28 
 
 		 466 aa  227  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.98 
 
 		 636 aa  225  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.08 
 
 		 607 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.87 
 
 		 472 aa  223  4e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.48 
 
 		 471 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.71 
 
 		 491 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.13 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.89 
 
 		 484 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.67 
 
 		 658 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  31.9 
 
 		 492 aa  206  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.24 
 
 		 633 aa  202  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.38 
 
 		 440 aa  196  7e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.19 
 
 		 450 aa  196  9e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.66 
 
 		 451 aa  187  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.49 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.36 
 
 		 472 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.01 
 
 		 443 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.54 
 
 		 456 aa  170  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.76 
 
 		 467 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.29 
 
 		 475 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.17 
 
 		 566 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.19 
 
 		 476 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  27.91 
 
 		 559 aa  158  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.71 
 
 		 524 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.32 
 
 		 519 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.44 
 
 		 456 aa  133  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  23.48 
 
 		 490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.51 
 
 		 522 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  23.74 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.49 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.44 
 
 		 464 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.14 
 
 		 463 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.28 
 
 		 487 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.3 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.65 
 
 		 489 aa  119  9e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.34 
 
 		 472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.35 
 
 		 472 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.09 
 
 		 472 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.41 
 
 		 463 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  23.2 
 
 		 461 aa  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  23.19 
 
 		 469 aa  113  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.24 
 
 		 488 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.24 
 
 		 497 aa  109  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  23.25 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  23.25 
 
 		 456 aa  108  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.32 
 
 		 464 aa  108  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  22.47 
 
 		 472 aa  107  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.27 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.08 
 
 		 488 aa  105  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.35 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.36 
 
 		 538 aa  103  8e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  22.81 
 
 		 425 aa  103  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23 
 
 		 450 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  22.35 
 
 		 425 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.24 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 		 562 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>