More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1131 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 258 aa  533  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  77.95 
 
 		 287 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  78.35 
 
 		 287 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  77.95 
 
 		 287 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  77.78 
 
 		 287 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  73.52 
 
 		 284 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  75.29 
 
 		 284 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  74.02 
 
 		 273 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  74.12 
 
 		 284 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  74.51 
 
 		 284 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  73.31 
 
 		 293 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  74.41 
 
 		 275 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  75.31 
 
 		 298 aa  394  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  70.82 
 
 		 278 aa  390  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  71.15 
 
 		 285 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  55.88 
 
 		 255 aa  288  5.0000000000000004e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  56.67 
 
 		 244 aa  288  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 256 aa  285  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  57.26 
 
 		 256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 266 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  54.36 
 
 		 252 aa  278  6e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 261 aa  276  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 261 aa  275  7e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  54.2 
 
 		 263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  55.08 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  269  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  53.81 
 
 		 261 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  54.01 
 
 		 256 aa  265  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  264  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 234 aa  251  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  43.46 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  50.85 
 
 		 270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  47.26 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.21 
 
 		 250 aa  234  9e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 252 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  49.78 
 
 		 265 aa  232  5e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  47.06 
 
 		 648 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  45.27 
 
 		 244 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 228 aa  201  7e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  44.26 
 
 		 261 aa  201  9e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  47.14 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 225 aa  193  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  44.69 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  44.31 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  43.51 
 
 		 235 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  44.69 
 
 		 268 aa  177  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  44.25 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  40.85 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.42 
 
 		 238 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 253 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 560 aa  125  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.79 
 
 		 200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.06 
 
 		 339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.91 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.45 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.33 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 		 329 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.5 
 
 		 438 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 		 370 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 324 aa  105  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 436 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 		 431 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  32.43 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 238 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  34.57 
 
 		 501 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 		 399 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  32.79 
 
 		 376 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  33.47 
 
 		 412 aa  102  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 325 aa  102  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.57 
 
 		 458 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>