More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2080 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 383 aa  775    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  71.8 
 
 		 383 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  61.08 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  40.7 
 
 		 378 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  40.69 
 
 		 379 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  43.75 
 
 		 373 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  40.48 
 
 		 367 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 		 370 aa  264  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 		 370 aa  264  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  41.82 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  41.82 
 
 		 377 aa  256  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  41.07 
 
 		 368 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 		 370 aa  252  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 		 385 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  40.98 
 
 		 374 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  40.98 
 
 		 374 aa  242  7.999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  38.35 
 
 		 368 aa  222  7e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  39 
 
 		 371 aa  222  7e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  37.47 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 		 398 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  37.2 
 
 		 382 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.45 
 
 		 386 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  35.67 
 
 		 377 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 		 382 aa  194  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 		 380 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 		 395 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  35.11 
 
 		 392 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 377 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  34.54 
 
 		 375 aa  171  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  31.55 
 
 		 383 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 		 385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 		 381 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 388 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 388 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.83 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 		 382 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 		 386 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 378 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 		 408 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 394 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  32.12 
 
 		 391 aa  140  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.3 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 363 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 382 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 411 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 472 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 380 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  32.86 
 
 		 423 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.56 
 
 		 512 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 383 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.4 
 
 		 517 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.14 
 
 		 370 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  29.51 
 
 		 480 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.55 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  27.58 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.27 
 
 		 519 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 384 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.32 
 
 		 380 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  29.1 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  28.98 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.37 
 
 		 497 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 425 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.87 
 
 		 496 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 441 aa  101  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.54 
 
 		 425 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 426 aa  97.8  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  27.3 
 
 		 539 aa  97.8  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 372 aa  94  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 436 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 592 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 379 aa  90.1  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  25.29 
 
 		 438 aa  86.7  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 		 435 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.74 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  24.8 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.9 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>