121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5410 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  100 
 
 		 449 aa  890    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  51.38 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  40.65 
 
 		 451 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0908  hypothetical protein  41.06 
 
 		 451 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  37.02 
 
 		 436 aa  245  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  37.36 
 
 		 436 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  38.66 
 
 		 442 aa  237  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  35.78 
 
 		 442 aa  236  6e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  35.81 
 
 		 439 aa  236  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  36.14 
 
 		 442 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  36.14 
 
 		 457 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  32.74 
 
 		 450 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  36.32 
 
 		 439 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1154  hypothetical protein  34.99 
 
 		 490 aa  226  7e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0669  hypothetical protein  37.04 
 
 		 439 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  31.31 
 
 		 446 aa  203  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  34.29 
 
 		 441 aa  179  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3181  hypothetical protein  29.89 
 
 		 446 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  25 
 
 		 614 aa  65.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  26.09 
 
 		 619 aa  63.5  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  26.64 
 
 		 611 aa  61.2  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  23.2 
 
 		 631 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  24.73 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.44 
 
 		 382 aa  57  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.35 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  27.7 
 
 		 359 aa  56.2  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  26.16 
 
 		 709 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  27.27 
 
 		 707 aa  55.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  25.53 
 
 		 709 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  29.63 
 
 		 701 aa  54.3  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 		 379 aa  53.5  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 340 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  22.28 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 366 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00633  membrane fusion protein  30.22 
 
 		 350 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.73 
 
 		 549 aa  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  27.78 
 
 		 701 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  26.32 
 
 		 702 aa  51.2  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  25.52 
 
 		 627 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  28.07 
 
 		 714 aa  50.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1115  secretion protein HlyD family protein  36.67 
 
 		 347 aa  50.4  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719605  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  26.5 
 
 		 628 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 372 aa  50.4  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1169  membrane-fusion protein  26.6 
 
 		 377 aa  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0146013  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 380 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4098  secretion protein HlyD family protein  44.07 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  21.36 
 
 		 397 aa  49.3  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2284  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.489118  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2585  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 302 aa  48.5  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.798515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 313 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3741  HlyD domain-containing protein  25.63 
 
 		 720 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16250  Type I secretion membrane fusion protein  34.46 
 
 		 441 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 383 aa  48.5  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  27.87 
 
 		 372 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 403 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 384 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03980  HlyD family secretion protein  29.17 
 
 		 297 aa  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.79966  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 360 aa  47.8  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 360 aa  47.8  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 360 aa  47.8  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 360 aa  47.8  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 360 aa  47.8  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0283  membrane fusion protein  28.22 
 
 		 342 aa  47.4  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.120506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 431 aa  47.4  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 383 aa  47.4  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  27.92 
 
 		 359 aa  47  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  31.53 
 
 		 411 aa  46.6  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  22.66 
 
 		 374 aa  46.2  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.32 
 
 		 469 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 363 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0942  putative secretion protein, HlyD family  26.23 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.926977  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.27 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  20.79 
 
 		 402 aa  45.8  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0205  putative multidrug resistance efflux pump  31.71 
 
 		 407 aa  45.8  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003046  membrane-fusion protein  24.81 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 366 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  28.57 
 
 		 709 aa  45.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  22.17 
 
 		 373 aa  45.1  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21021  leukotoxin secretion protein-like protein  23 
 
 		 376 aa  44.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.326291  normal  0.825476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1492  secretion protein HlyD family protein  26.79 
 
 		 284 aa  44.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  35.24 
 
 		 409 aa  44.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0402  multidrug resistance efflux pump-like protein  30.71 
 
 		 340 aa  44.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  24.04 
 
 		 612 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4679  secretion protein HlyD family protein  27.72 
 
 		 425 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  28.07 
 
 		 406 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  34.38 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4276  secretion protein HlyD  26.19 
 
 		 297 aa  44.3  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0327554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 359 aa  44.3  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 382 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6659  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 324 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 353 aa  44.3  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7724  HlyD family secretion protein  25.71 
 
 		 324 aa  44.3  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 		 361 aa  44.3  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>