61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3741 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3741  HlyD domain-containing protein  100 
 
 
720 aa  1401    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0417  peptidase M50  40.97 
 
 
701 aa  455  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  38.43 
 
 
709 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  39.47 
 
 
709 aa  415  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  36.97 
 
 
714 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0300  hypothetical protein  35.47 
 
 
719 aa  395  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0133976  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3074  peptidase M50  38.67 
 
 
696 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.688769  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  35.62 
 
 
701 aa  381  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5411  putative membrane Zinc metallopeptidase, M50 family  39.21 
 
 
699 aa  382  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000871616  normal  0.282869 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  35.38 
 
 
702 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  35.24 
 
 
701 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  35.64 
 
 
707 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  37.96 
 
 
709 aa  372  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0147  peptidase M50  36.35 
 
 
698 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1674  peptidase M50  32.44 
 
 
703 aa  359  9e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.607865  normal  0.551659 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3180  peptidase M50  34.05 
 
 
688 aa  347  5e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0372  hypothetical protein  40.9 
 
 
474 aa  339  9.999999999999999e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.707522  normal  0.611726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  36.48 
 
 
697 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1407  M50 family peptidase  28.49 
 
 
720 aa  170  9e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1342  M50 family peptidase  30.66 
 
 
714 aa  165  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3966  peptidase M50  27.31 
 
 
741 aa  163  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884919  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2358  peptidase, M50 family  30.35 
 
 
715 aa  146  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0619  M50 family peptidase  27.11 
 
 
715 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0925  M50 family peptidase  27.1 
 
 
715 aa  144  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135222  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2399  M50 family peptidase  29.95 
 
 
715 aa  144  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3235  M50 family peptidase  25.89 
 
 
711 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.347928 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2198  peptidase M50  30.53 
 
 
720 aa  120  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0961426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4341  peptidase M50  30.64 
 
 
367 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0325098  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2176  M50 family peptidase  26.47 
 
 
721 aa  114  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.510962  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0366  peptidase M50  28.69 
 
 
736 aa  110  9.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1793  cyclic nucleotide-binding protein  34.5 
 
 
1171 aa  85.1  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18567  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  34.91 
 
 
1177 aa  84.7  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0373  hypothetical protein  32.42 
 
 
205 aa  78.2  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.5146 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3220  sterol-regulatory element binding protein (SREBP) site 2 protease family protein  27.48 
 
 
413 aa  73.9  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.496668  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2911  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
1124 aa  69.7  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.965385  normal  0.0176228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4373  hypothetical protein  31.69 
 
 
825 aa  69.7  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3579  hypothetical protein  32.33 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00448549  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0921  hypothetical protein  29.35 
 
 
398 aa  67  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33960  hypothetical protein  37.01 
 
 
238 aa  66.6  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.331304  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2677  hypothetical protein  30.99 
 
 
847 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2722  hypothetical protein  30.99 
 
 
847 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0895227  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2708  hypothetical protein  30.99 
 
 
844 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.577877 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2293  hypothetical protein  29.09 
 
 
838 aa  65.5  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  30.16 
 
 
948 aa  64.3  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2919  hypothetical protein  28.1 
 
 
824 aa  56.6  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3233  hypothetical protein  28.35 
 
 
812 aa  55.5  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1596  hypothetical protein  28.3 
 
 
497 aa  53.9  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272119  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.16 
 
 
365 aa  53.5  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3142  hypothetical protein  30.71 
 
 
761 aa  52.4  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0154209  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  26.18 
 
 
371 aa  50.8  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2470  hypothetical protein  31.51 
 
 
176 aa  49.7  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  24.43 
 
 
404 aa  48.9  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  24.77 
 
 
449 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3230  sterol-regulatory element binding protein  43.48 
 
 
171 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.258333  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  26.43 
 
 
448 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  29.63 
 
 
611 aa  46.2  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  27.76 
 
 
436 aa  45.4  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 
387 aa  45.8  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  25.43 
 
 
612 aa  45.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
409 aa  44.7  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13940  Zn-dependent protease  30 
 
 
379 aa  44.3  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.909069 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>