More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0205 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0185  putative multidrug resistance efflux pump  77.15 
 
 		 406 aa  662    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0205  putative multidrug resistance efflux pump  100 
 
 		 407 aa  836    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3992  secretion protein HlyD family protein  79.12 
 
 		 407 aa  686    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0942  putative secretion protein, HlyD family  70.27 
 
 		 407 aa  608  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.926977  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  65.11 
 
 		 407 aa  570  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  64.13 
 
 		 400 aa  548  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3658  multidrug resistance efflux pump  26.9 
 
 		 343 aa  126  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  27.1 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  27.32 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  27.6 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  27.01 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  22.65 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  23.04 
 
 		 378 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  22.41 
 
 		 378 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  22.41 
 
 		 378 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  22.41 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  22.41 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  22.41 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  22.41 
 
 		 378 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  26.57 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  24.72 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.64 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  25.58 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  22.14 
 
 		 378 aa  77  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  22.6 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  22.57 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  25.15 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  26.89 
 
 		 366 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  21.81 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  22.92 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  26.52 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  21.48 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  21.48 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2977  secretion protein HlyD  30.94 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  21.1 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  24.01 
 
 		 364 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  24.81 
 
 		 380 aa  71.6  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  22.18 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  22.08 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 449 aa  70.1  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1774  secretion protein HlyD family protein  23.27 
 
 		 355 aa  69.7  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  26.07 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2212  secretion protein HlyD family protein  24.23 
 
 		 285 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.420088  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  24.82 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  22.81 
 
 		 374 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  25.18 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  24.47 
 
 		 355 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  25.83 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  25.42 
 
 		 463 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  23.81 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 444 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  24.76 
 
 		 467 aa  67.8  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  26.04 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  22 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  21.57 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  22.67 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  24.37 
 
 		 364 aa  67  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  22.01 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  27.43 
 
 		 407 aa  66.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  21.57 
 
 		 381 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  22.6 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  22.6 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  22.6 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  21.67 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1332  secretion protein HlyD family protein  25.38 
 
 		 342 aa  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.729441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  22.67 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  21.67 
 
 		 351 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  22.58 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  22.6 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  21.32 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  24.82 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  24.29 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  23.13 
 
 		 344 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  24.62 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  23.13 
 
 		 355 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1543  secretion protein HlyD family protein  25.28 
 
 		 352 aa  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  25.29 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  25.17 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  29.82 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3316  secretion protein HlyD family protein  23.76 
 
 		 423 aa  63.5  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.226121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  23.3 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0452  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 375 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  22.56 
 
 		 353 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  25.75 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  25.66 
 
 		 413 aa  62.8  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2304  secretion protein HlyD family protein  24.71 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.396898  normal  0.0133431 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  23.28 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2020  secretion protein HlyD family protein  23.65 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6122  secretion protein HlyD family protein  23.19 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  24.56 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  25.74 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  23.88 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>