More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5247 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  635    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 322 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 324 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1220  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 328 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2020  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 343 aa  99.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257834  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 321 aa  99.4  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 419 aa  99  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 404 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 318 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 318 aa  96.3  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 323 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 328 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 307 aa  93.6  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 323 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 316 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 316 aa  92.8  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 417 aa  90.5  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 325 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.49 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.49 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.94 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 339 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.41 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.3 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>