101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2132 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  53.6 
 
 		 962 aa  880    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  73.78 
 
 		 957 aa  1331    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  100 
 
 		 976 aa  1932    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  53.06 
 
 		 951 aa  881    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  53.11 
 
 		 947 aa  897    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  29.16 
 
 		 991 aa  358  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  29.46 
 
 		 994 aa  345  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  34.01 
 
 		 855 aa  262  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  34.34 
 
 		 864 aa  255  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  32.59 
 
 		 856 aa  246  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.4 
 
 		 836 aa  244  6e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  33.48 
 
 		 846 aa  230  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  32.34 
 
 		 856 aa  230  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  32.34 
 
 		 856 aa  229  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  33.33 
 
 		 958 aa  224  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  31.72 
 
 		 915 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  32.34 
 
 		 883 aa  183  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  29.79 
 
 		 940 aa  162  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.84 
 
 		 1042 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  26.03 
 
 		 1062 aa  109  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  28.07 
 
 		 1064 aa  106  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  27.39 
 
 		 1064 aa  105  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  27.4 
 
 		 1059 aa  99.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  26.03 
 
 		 1052 aa  99.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  26.32 
 
 		 1047 aa  97.8  9e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  24.92 
 
 		 1052 aa  96.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1052 aa  95.5  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  26.65 
 
 		 1076 aa  94.7  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  27.81 
 
 		 1043 aa  92.8  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  26.59 
 
 		 1048 aa  91.3  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  24.74 
 
 		 1001 aa  90.1  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  29.02 
 
 		 1037 aa  89.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  25.84 
 
 		 1049 aa  89  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  28.62 
 
 		 1049 aa  88.6  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  28.22 
 
 		 991 aa  88.6  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  29.66 
 
 		 993 aa  85.5  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  29.21 
 
 		 1054 aa  82.4  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  27.19 
 
 		 991 aa  81.6  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  27.52 
 
 		 1047 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  27.9 
 
 		 1040 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  26.59 
 
 		 1047 aa  79.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.74 
 
 		 1048 aa  77.8  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  25.75 
 
 		 1016 aa  75.1  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  25.03 
 
 		 1053 aa  73.9  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  25.72 
 
 		 1045 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  25.37 
 
 		 997 aa  72.8  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  25.35 
 
 		 1049 aa  72.4  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  25.68 
 
 		 988 aa  72  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  24.88 
 
 		 997 aa  69.7  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1042 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.94 
 
 		 1049 aa  70.1  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  22.22 
 
 		 781 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  24.83 
 
 		 959 aa  66.2  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  20.89 
 
 		 794 aa  66.2  0.000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  23.31 
 
 		 780 aa  64.7  0.000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.19 
 
 		 989 aa  63.5  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  22.83 
 
 		 858 aa  63.2  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  24.07 
 
 		 858 aa  61.6  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  28.62 
 
 		 1015 aa  61.6  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  26.33 
 
 		 896 aa  60.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  24.04 
 
 		 984 aa  60.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3877  hypothetical protein  28.75 
 
 		 1151 aa  58.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  20.27 
 
 		 788 aa  58.9  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3983  hypothetical protein  29.29 
 
 		 1100 aa  58.2  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.588967  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.81 
 
 		 1100 aa  57.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  25.86 
 
 		 865 aa  56.6  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  24.46 
 
 		 957 aa  56.2  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  23.49 
 
 		 908 aa  55.8  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  20 
 
 		 788 aa  55.5  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  28 
 
 		 1016 aa  55.5  0.000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4020  hypothetical protein  29.21 
 
 		 1079 aa  54.7  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.76 
 
 		 1048 aa  54.7  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  21.39 
 
 		 788 aa  53.9  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0550  ATP-dependent nuclease subunit B-like  21.82 
 
 		 1140 aa  52.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.57 
 
 		 1106 aa  53.1  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  19.83 
 
 		 803 aa  52.8  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  24.52 
 
 		 990 aa  52.4  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 1038 aa  52  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  30.52 
 
 		 986 aa  51.6  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  27.93 
 
 		 980 aa  51.6  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  31.25 
 
 		 320 aa  51.6  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2513  ATP-dependent nuclease subunit B-like  28.04 
 
 		 1029 aa  51.6  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260712  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0517  hypothetical protein  18.9 
 
 		 960 aa  51.2  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0137071 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 1052 aa  51.2  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  20.06 
 
 		 1039 aa  50.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  24.93 
 
 		 997 aa  49.7  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0003  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.89 
 
 		 1099 aa  49.7  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0554  exonuclease RexB  24.63 
 
 		 1159 aa  49.3  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  21.12 
 
 		 781 aa  48.9  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  19.15 
 
 		 786 aa  48.1  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  26.28 
 
 		 1038 aa  47  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1287  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  22.92 
 
 		 994 aa  46.6  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1804  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.86 
 
 		 986 aa  46.6  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  28.16 
 
 		 267 aa  47  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0024  ATP-dependent nuclease, subunit B  24.55 
 
 		 1158 aa  45.8  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.199779  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  25.41 
 
 		 1077 aa  45.4  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0024  ATP-dependent nuclease subunit B  23.95 
 
 		 1158 aa  45.4  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  25.09 
 
 		 911 aa  45.4  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000754464  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  24.89 
 
 		 913 aa  45.4  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.43 
 
 		 916 aa  44.7  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>