73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1284 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  100 
 
 
915 aa  1756    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  40.46 
 
 
846 aa  412  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  38.14 
 
 
856 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  38.26 
 
 
855 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  41.03 
 
 
856 aa  396  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  40.92 
 
 
856 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  38.01 
 
 
864 aa  378  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  38.19 
 
 
883 aa  345  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  39.44 
 
 
940 aa  285  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  37.08 
 
 
962 aa  275  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  36.91 
 
 
951 aa  273  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  36.42 
 
 
947 aa  270  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.63 
 
 
957 aa  230  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.02 
 
 
836 aa  216  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  31.72 
 
 
976 aa  200  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.99 
 
 
958 aa  174  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  26.97 
 
 
991 aa  166  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  26.22 
 
 
994 aa  135  3.9999999999999996e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  28.14 
 
 
993 aa  84.3  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  30.18 
 
 
991 aa  81.6  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  28.55 
 
 
1076 aa  72.4  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  30.2 
 
 
1037 aa  68.2  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.13 
 
 
1100 aa  67.4  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  31.6 
 
 
1047 aa  65.9  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  28.48 
 
 
1049 aa  65.9  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  25.38 
 
 
1052 aa  64.7  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  28.42 
 
 
865 aa  63.9  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  25.79 
 
 
1052 aa  63.9  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  29.19 
 
 
1048 aa  62.4  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  33.2 
 
 
997 aa  61.2  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  27.15 
 
 
1049 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  31.65 
 
 
1000 aa  60.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  31.53 
 
 
1052 aa  60.1  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  32.23 
 
 
997 aa  58.9  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  28.04 
 
 
1048 aa  58.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  32.18 
 
 
1047 aa  56.6  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  32.18 
 
 
1047 aa  56.6  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  31.28 
 
 
273 aa  55.5  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  24.66 
 
 
997 aa  53.5  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  28.52 
 
 
1040 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  27.52 
 
 
1049 aa  52.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  30.95 
 
 
1014 aa  52.4  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  30.51 
 
 
989 aa  52.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  32.18 
 
 
1045 aa  52  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  27.67 
 
 
1042 aa  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  25.48 
 
 
779 aa  51.6  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  31.03 
 
 
1018 aa  50.8  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  27.69 
 
 
990 aa  50.4  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  26.04 
 
 
1053 aa  50.1  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  25.38 
 
 
1039 aa  48.9  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.01 
 
 
916 aa  48.9  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  24.26 
 
 
788 aa  48.5  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1287  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  22 
 
 
994 aa  48.1  0.0008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1243  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  30.35 
 
 
968 aa  47.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0167838  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.56 
 
 
1049 aa  47.8  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  32.85 
 
 
277 aa  47  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  32.85 
 
 
277 aa  47  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0978  hypothetical protein  25.06 
 
 
1000 aa  47  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.263512  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  26.57 
 
 
1001 aa  46.6  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  32.85 
 
 
277 aa  47  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  29.24 
 
 
1054 aa  47  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  25.12 
 
 
991 aa  46.2  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  23.87 
 
 
1062 aa  46.2  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  31.54 
 
 
299 aa  45.8  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0517  hypothetical protein  19.69 
 
 
960 aa  45.8  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0137071 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  24.36 
 
 
788 aa  45.8  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  24.26 
 
 
788 aa  45.4  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  30.77 
 
 
1064 aa  45.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  29.55 
 
 
333 aa  45.1  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  28.8 
 
 
1043 aa  44.7  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  34.04 
 
 
351 aa  45.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  28.32 
 
 
986 aa  44.3  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  27.69 
 
 
999 aa  44.3  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>