79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3243 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  61.68 
 
 		 1064 aa  1223    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  58.96 
 
 		 1062 aa  1169    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  45.24 
 
 		 1052 aa  827    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  46.55 
 
 		 1042 aa  795    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  44.48 
 
 		 1052 aa  834    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  61.78 
 
 		 1064 aa  1234    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  100 
 
 		 1059 aa  2099    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  39.38 
 
 		 1047 aa  678    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  45.24 
 
 		 1052 aa  827    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  37.95 
 
 		 1049 aa  531  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  36.96 
 
 		 1049 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  36.94 
 
 		 1043 aa  528  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  37.51 
 
 		 1047 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  36.47 
 
 		 1048 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  37.51 
 
 		 1047 aa  522  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  37.33 
 
 		 1045 aa  521  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  37.88 
 
 		 1053 aa  511  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  36.55 
 
 		 1049 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  35.96 
 
 		 1001 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  37.88 
 
 		 1054 aa  501  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  38 
 
 		 1037 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  36.62 
 
 		 1042 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  36.93 
 
 		 1048 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  37.88 
 
 		 1015 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  37 
 
 		 1040 aa  489  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  35.15 
 
 		 999 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  33.94 
 
 		 1076 aa  445  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  36.1 
 
 		 1018 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  33.18 
 
 		 977 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  33.18 
 
 		 1016 aa  391  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  33.27 
 
 		 1000 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  32.65 
 
 		 997 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  32.62 
 
 		 997 aa  364  6e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  32.58 
 
 		 986 aa  350  9e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  34.08 
 
 		 991 aa  347  8e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.13 
 
 		 980 aa  338  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  33.62 
 
 		 991 aa  336  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  33.46 
 
 		 1014 aa  328  3e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  31.62 
 
 		 993 aa  328  5e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  19.46 
 
 		 911 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  33.26 
 
 		 988 aa  137  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  21.54 
 
 		 890 aa  137  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  35.14 
 
 		 959 aa  130  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  19.29 
 
 		 914 aa  124  9.999999999999999e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  27.86 
 
 		 976 aa  90.9  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  26.87 
 
 		 962 aa  79.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  25.9 
 
 		 779 aa  77.8  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  24.5 
 
 		 788 aa  70.5  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  24.5 
 
 		 788 aa  70.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  24.79 
 
 		 788 aa  70.1  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  23.88 
 
 		 994 aa  67.4  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  24.01 
 
 		 991 aa  64.3  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.98 
 
 		 958 aa  64.3  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.04 
 
 		 836 aa  64.3  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  25.45 
 
 		 947 aa  63.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.65 
 
 		 1106 aa  60.1  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  24.24 
 
 		 951 aa  58.9  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  34.09 
 
 		 1049 aa  55.5  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  50 
 
 		 142 aa  55.1  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  21.62 
 
 		 781 aa  54.3  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.12 
 
 		 1066 aa  53.5  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  30.29 
 
 		 855 aa  53.1  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  26.35 
 
 		 913 aa  52.8  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.99 
 
 		 1048 aa  52.8  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  24.73 
 
 		 989 aa  51.6  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  31.82 
 
 		 856 aa  51.2  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  28.24 
 
 		 846 aa  51.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  22.06 
 
 		 957 aa  51.2  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  28.42 
 
 		 864 aa  50.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1321  methyltransferase type 11  25.76 
 
 		 915 aa  50.1  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  23.13 
 
 		 862 aa  49.7  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000886385  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  25.23 
 
 		 951 aa  48.1  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  22.22 
 
 		 919 aa  48.1  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  25.28 
 
 		 1077 aa  46.6  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  22.89 
 
 		 872 aa  46.6  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1752  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.53 
 
 		 940 aa  45.8  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.894533 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 1167 aa  45.8  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.32 
 
 		 916 aa  45.4  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  30.43 
 
 		 912 aa  45.4  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>