72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0386 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  69.96 
 
 		 1049 aa  1373    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  67.87 
 
 		 1049 aa  1360    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  70.58 
 
 		 1048 aa  1412    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  100 
 
 		 1042 aa  2048    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  46.55 
 
 		 1015 aa  691    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  67.61 
 
 		 1053 aa  1317    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  70.1 
 
 		 1049 aa  1389    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  69.39 
 
 		 1048 aa  1346    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  40.83 
 
 		 1001 aa  607  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  41.85 
 
 		 1042 aa  602  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  41.59 
 
 		 1047 aa  594  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  41.5 
 
 		 1047 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  41.15 
 
 		 1037 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  40.82 
 
 		 1045 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  40.15 
 
 		 1043 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  41.69 
 
 		 1040 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  41.14 
 
 		 1018 aa  569  1e-160  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  38.96 
 
 		 1052 aa  556  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  39.11 
 
 		 1052 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  38.86 
 
 		 1052 aa  555  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  39.65 
 
 		 1054 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  35.88 
 
 		 1076 aa  538  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  35.51 
 
 		 1047 aa  513  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  36.62 
 
 		 1059 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  35.86 
 
 		 1064 aa  469  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  38.07 
 
 		 999 aa  469  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  34.64 
 
 		 1062 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  35.63 
 
 		 1064 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  36.51 
 
 		 1016 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  35.59 
 
 		 991 aa  416  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  35.59 
 
 		 1014 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  33.65 
 
 		 977 aa  386  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  36.48 
 
 		 1000 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  36.34 
 
 		 997 aa  361  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  36.18 
 
 		 997 aa  360  8e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  31.91 
 
 		 993 aa  354  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  33.68 
 
 		 991 aa  343  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  33.08 
 
 		 988 aa  326  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  32.35 
 
 		 986 aa  324  6e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  34.08 
 
 		 959 aa  308  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.6 
 
 		 980 aa  303  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  20.65 
 
 		 914 aa  169  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  20.37 
 
 		 911 aa  153  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.29 
 
 		 890 aa  151  7e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.9 
 
 		 836 aa  75.1  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  26.96 
 
 		 962 aa  73.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  27.63 
 
 		 947 aa  72.8  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  27.97 
 
 		 779 aa  72.8  0.00000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  27.06 
 
 		 951 aa  69.3  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.18 
 
 		 957 aa  68.2  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  25.4 
 
 		 976 aa  67  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  29.63 
 
 		 984 aa  64.3  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  21.04 
 
 		 911 aa  60.5  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  35.45 
 
 		 142 aa  60.1  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.69 
 
 		 958 aa  60.1  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  25.36 
 
 		 1100 aa  59.3  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  27.73 
 
 		 997 aa  56.2  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  23.99 
 
 		 788 aa  54.3  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  22.87 
 
 		 919 aa  53.5  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  21.9 
 
 		 794 aa  52  0.00006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  26.15 
 
 		 896 aa  51.2  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.81 
 
 		 915 aa  50.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.54 
 
 		 989 aa  50.4  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  21.59 
 
 		 781 aa  48.5  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  23.85 
 
 		 780 aa  48.1  0.0009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  21.25 
 
 		 1039 aa  48.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  29.86 
 
 		 846 aa  47  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  23.34 
 
 		 994 aa  46.2  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  21.28 
 
 		 951 aa  45.4  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  22.36 
 
 		 909 aa  45.4  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  29.03 
 
 		 864 aa  45.1  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  26.48 
 
 		 856 aa  44.7  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>