80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2952 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  100 
 
 		 1000 aa  1941    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  90.87 
 
 		 997 aa  1704    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  50.66 
 
 		 988 aa  837    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  49.75 
 
 		 980 aa  766    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  57.04 
 
 		 977 aa  1003    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  90.97 
 
 		 997 aa  1705    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  49.03 
 
 		 986 aa  822    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  37.7 
 
 		 1001 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  36.17 
 
 		 1042 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  36.16 
 
 		 999 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  36.15 
 
 		 1047 aa  399  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  35.76 
 
 		 1045 aa  396  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  34.95 
 
 		 1049 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  33.84 
 
 		 1052 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  32.99 
 
 		 1059 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  34.79 
 
 		 1052 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.16 
 
 		 1048 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  36.1 
 
 		 1018 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  34.74 
 
 		 1049 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  34.79 
 
 		 1052 aa  379  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  35.01 
 
 		 991 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  35.87 
 
 		 1042 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  32.68 
 
 		 1064 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  32.52 
 
 		 1062 aa  369  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  32.65 
 
 		 1064 aa  369  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  35.69 
 
 		 1016 aa  366  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  31.64 
 
 		 1047 aa  361  4e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  36.14 
 
 		 1015 aa  359  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  35.52 
 
 		 1037 aa  350  8e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  33.18 
 
 		 1043 aa  347  8.999999999999999e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  36.08 
 
 		 1054 aa  343  9e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  31.66 
 
 		 1076 aa  339  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  33.33 
 
 		 993 aa  336  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  33.33 
 
 		 991 aa  308  3e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  34.5 
 
 		 1014 aa  303  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  39.52 
 
 		 1053 aa  249  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  40.79 
 
 		 1047 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  39.5 
 
 		 1049 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  38.53 
 
 		 1048 aa  238  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  33.9 
 
 		 959 aa  236  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  39.74 
 
 		 1040 aa  208  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  21.61 
 
 		 890 aa  123  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  19.01 
 
 		 914 aa  120  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  19.47 
 
 		 911 aa  113  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  26.96 
 
 		 864 aa  78.2  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  26.11 
 
 		 780 aa  73.9  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  22.29 
 
 		 781 aa  62.8  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  26.42 
 
 		 779 aa  62.4  0.00000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  31.71 
 
 		 1106 aa  61.6  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  26.21 
 
 		 962 aa  60.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  27.39 
 
 		 976 aa  60.1  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.77 
 
 		 989 aa  59.7  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  26.54 
 
 		 856 aa  58.9  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.25 
 
 		 958 aa  58.9  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.44 
 
 		 836 aa  58.9  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  31.54 
 
 		 915 aa  58.2  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.7 
 
 		 1048 aa  56.2  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.96 
 
 		 916 aa  55.8  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  33.15 
 
 		 896 aa  54.7  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  28.93 
 
 		 846 aa  54.3  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  26.33 
 
 		 947 aa  53.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  24.69 
 
 		 997 aa  52.8  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  22.88 
 
 		 794 aa  52.4  0.00005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  27.3 
 
 		 865 aa  51.2  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.81 
 
 		 957 aa  49.7  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  24.38 
 
 		 1077 aa  49.7  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  22.29 
 
 		 919 aa  49.7  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  25.46 
 
 		 984 aa  49.3  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  28.01 
 
 		 855 aa  49.7  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  22.47 
 
 		 781 aa  48.5  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  21.19 
 
 		 909 aa  48.1  0.0007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 		 1016 aa  48.1  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  27.43 
 
 		 912 aa  47.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  25.83 
 
 		 856 aa  46.6  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  25.95 
 
 		 856 aa  46.6  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  28.08 
 
 		 333 aa  46.6  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  25.8 
 
 		 913 aa  46.6  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  38.67 
 
 		 1052 aa  46.2  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  27.62 
 
 		 280 aa  45.8  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  27.45 
 
 		 299 aa  45.4  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>