96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3437 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  50.56 
 
 		 1000 aa  861    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  50.36 
 
 		 997 aa  848    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  100 
 
 		 988 aa  1945    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  47.92 
 
 		 977 aa  847    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  50.15 
 
 		 997 aa  846    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  43.69 
 
 		 986 aa  724    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  42.99 
 
 		 980 aa  607  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  33.82 
 
 		 1001 aa  396  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  31.88 
 
 		 1052 aa  375  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  35.36 
 
 		 1018 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  32.92 
 
 		 1045 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  31.14 
 
 		 1052 aa  356  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  31.26 
 
 		 1052 aa  355  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  31.8 
 
 		 1064 aa  354  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  32.68 
 
 		 1064 aa  354  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  33.14 
 
 		 1047 aa  353  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  33.43 
 
 		 1047 aa  353  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  32.55 
 
 		 999 aa  352  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  31.97 
 
 		 1048 aa  348  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  31.88 
 
 		 1049 aa  345  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  33.18 
 
 		 1042 aa  342  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  32.76 
 
 		 1062 aa  336  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  32.68 
 
 		 991 aa  336  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  31.27 
 
 		 1049 aa  333  7.000000000000001e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  31.83 
 
 		 1042 aa  333  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  33.72 
 
 		 1054 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  30.61 
 
 		 1049 aa  326  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  33.14 
 
 		 1040 aa  325  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  29.28 
 
 		 1047 aa  325  2e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  31.85 
 
 		 1059 aa  326  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  34.16 
 
 		 1037 aa  324  5e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  32.47 
 
 		 1053 aa  323  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  30.48 
 
 		 1048 aa  319  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  30.99 
 
 		 993 aa  311  4e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  31.82 
 
 		 1043 aa  304  6.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  32.4 
 
 		 1015 aa  297  8e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  31.05 
 
 		 1076 aa  292  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  32.07 
 
 		 1016 aa  291  3e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  31.13 
 
 		 991 aa  281  4e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  32.29 
 
 		 1014 aa  269  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  31.3 
 
 		 959 aa  238  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  18.85 
 
 		 911 aa  137  9.999999999999999e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  20.04 
 
 		 914 aa  137  9.999999999999999e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  25.22 
 
 		 788 aa  79.7  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  25.51 
 
 		 788 aa  77.4  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  24.63 
 
 		 788 aa  76.6  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.57 
 
 		 890 aa  75.5  0.000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  26.47 
 
 		 779 aa  75.5  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  25.68 
 
 		 976 aa  72.8  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  19.5 
 
 		 803 aa  72.4  0.00000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  23.7 
 
 		 794 aa  70.1  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  26.27 
 
 		 962 aa  67.8  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  20.6 
 
 		 786 aa  67  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.81 
 
 		 958 aa  65.1  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  24.72 
 
 		 780 aa  61.6  0.00000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  23.55 
 
 		 781 aa  59.7  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.13 
 
 		 957 aa  59.3  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  23.69 
 
 		 947 aa  58.9  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  31.33 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  22.08 
 
 		 781 aa  57.4  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  24.43 
 
 		 908 aa  57.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  23.28 
 
 		 951 aa  57.4  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  34.93 
 
 		 286 aa  56.6  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.18 
 
 		 1048 aa  56.2  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  21.93 
 
 		 911 aa  54.7  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  32.73 
 
 		 304 aa  54.7  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  31.9 
 
 		 297 aa  53.9  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  27.26 
 
 		 864 aa  53.9  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  33.33 
 
 		 267 aa  54.3  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  30.54 
 
 		 266 aa  53.1  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  35.53 
 
 		 311 aa  53.5  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.53 
 
 		 989 aa  49.7  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  27.78 
 
 		 1106 aa  49.3  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  22.77 
 
 		 783 aa  49.3  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  27.41 
 
 		 984 aa  49.7  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  24.79 
 
 		 913 aa  48.9  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  33.13 
 
 		 291 aa  49.3  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  25.37 
 
 		 1016 aa  49.3  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  25.5 
 
 		 930 aa  48.9  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  32.76 
 
 		 284 aa  48.9  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  26.17 
 
 		 280 aa  48.5  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  30.69 
 
 		 273 aa  48.1  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  32.72 
 
 		 298 aa  48.5  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_002950  PG0517  hypothetical protein  22.88 
 
 		 960 aa  48.1  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0137071 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  32.75 
 
 		 299 aa  47.4  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  32.56 
 
 		 334 aa  47  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  32.91 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  32.91 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  27.16 
 
 		 1077 aa  46.6  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  32.91 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1752  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.34 
 
 		 940 aa  47  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.894533 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  27.81 
 
 		 846 aa  46.2  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  30.77 
 
 		 302 aa  45.1  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  30.82 
 
 		 295 aa  45.1  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0550  ATP-dependent nuclease subunit B-like  22.75 
 
 		 1140 aa  45.1  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  22.92 
 
 		 994 aa  45.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>