78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2897 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  100 
 
 
846 aa  1669    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  52.12 
 
 
864 aa  738    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  61.81 
 
 
856 aa  961    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  49.61 
 
 
883 aa  673    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  52.52 
 
 
856 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  62.26 
 
 
855 aa  953    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  52.64 
 
 
856 aa  719    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  50.78 
 
 
940 aa  587  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  40.46 
 
 
915 aa  424  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  36.62 
 
 
947 aa  270  8e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  36.48 
 
 
962 aa  267  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  36.24 
 
 
951 aa  261  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  33.59 
 
 
976 aa  225  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.76 
 
 
957 aa  223  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  29.78 
 
 
991 aa  197  9e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.62 
 
 
836 aa  184  7e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  28.28 
 
 
994 aa  168  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  29.62 
 
 
958 aa  146  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  23.72 
 
 
803 aa  71.2  0.00000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  26.62 
 
 
896 aa  69.7  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  28.96 
 
 
991 aa  68.6  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  27.82 
 
 
865 aa  64.7  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.12 
 
 
1042 aa  64.3  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  30.57 
 
 
990 aa  63.9  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  33.14 
 
 
1052 aa  61.6  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  33.14 
 
 
1052 aa  62  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  32.18 
 
 
1052 aa  61.2  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  33.48 
 
 
1049 aa  58.9  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  31.58 
 
 
1001 aa  58.9  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  31.09 
 
 
1076 aa  57  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  32.26 
 
 
1064 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 
1016 aa  57.4  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  27.84 
 
 
991 aa  57.4  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  34.13 
 
 
989 aa  57  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  33.15 
 
 
1054 aa  56.6  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  23.32 
 
 
914 aa  56.2  0.000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1243  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.57 
 
 
968 aa  56.2  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0167838  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  30.62 
 
 
1048 aa  55.1  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  28.57 
 
 
1037 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  29.3 
 
 
993 aa  54.7  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  28.99 
 
 
1045 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  33.14 
 
 
986 aa  54.7  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  33.14 
 
 
1018 aa  54.7  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  28.36 
 
 
1049 aa  54.3  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  28.93 
 
 
1000 aa  54.3  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  32.43 
 
 
1064 aa  53.9  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  30.11 
 
 
1040 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  29.55 
 
 
1043 aa  53.5  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  30.41 
 
 
980 aa  52.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  27.67 
 
 
786 aa  52.8  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  29.83 
 
 
1047 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  29.83 
 
 
1047 aa  52.8  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  28.76 
 
 
1049 aa  52  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 
1052 aa  52.4  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  25.19 
 
 
911 aa  52  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000754464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  32.56 
 
 
912 aa  51.6  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  29.15 
 
 
1062 aa  51.2  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.83 
 
 
1048 aa  51.2  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.73 
 
 
1048 aa  50.4  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  30.28 
 
 
997 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  30.13 
 
 
1053 aa  50.1  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3621  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.81 
 
 
906 aa  50.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.221768  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  27.35 
 
 
1059 aa  48.9  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  29.28 
 
 
997 aa  48.1  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  27.01 
 
 
930 aa  48.1  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  23.15 
 
 
1049 aa  47  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  24.05 
 
 
872 aa  47.8  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  24.65 
 
 
920 aa  46.6  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  24.05 
 
 
862 aa  47  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000886385  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  27.81 
 
 
988 aa  46.2  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  29.86 
 
 
1042 aa  47  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0871  hypothetical protein  25.27 
 
 
1042 aa  47  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.124792 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 
1062 aa  45.8  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2400  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 
1194 aa  45.4  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2077  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.27 
 
 
1169 aa  45.4  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  25.56 
 
 
1077 aa  45.1  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1752  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.62 
 
 
940 aa  44.7  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.894533 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.88 
 
 
957 aa  44.7  0.008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>