76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0078 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  66.92 
 
 		 1049 aa  1350    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  78.24 
 
 		 1049 aa  1564    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  67.49 
 
 		 1048 aa  1364    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  100 
 
 		 1049 aa  2065    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  70.1 
 
 		 1042 aa  1389    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  65.81 
 
 		 1053 aa  1261    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  46.46 
 
 		 1015 aa  714    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  77.44 
 
 		 1048 aa  1544    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  42.74 
 
 		 1047 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  42.55 
 
 		 1047 aa  633  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  40.57 
 
 		 1001 aa  631  1e-179  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  42.23 
 
 		 1045 aa  626  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  42.03 
 
 		 1037 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  41.38 
 
 		 1042 aa  604  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  41.59 
 
 		 1040 aa  598  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  39.11 
 
 		 1052 aa  589  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  39.27 
 
 		 1052 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  38.82 
 
 		 1052 aa  578  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  39.53 
 
 		 1043 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  40.57 
 
 		 1054 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  39.78 
 
 		 1018 aa  539  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  36.96 
 
 		 1059 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  36.28 
 
 		 1076 aa  526  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  35.59 
 
 		 1047 aa  522  1e-146  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  37.09 
 
 		 999 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  35.99 
 
 		 1064 aa  485  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  35.52 
 
 		 1062 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  35.74 
 
 		 1064 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  35.69 
 
 		 1016 aa  434  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  35.25 
 
 		 977 aa  424  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  35.69 
 
 		 991 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  35.33 
 
 		 1014 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  34.96 
 
 		 1000 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  35.09 
 
 		 997 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  35.19 
 
 		 997 aa  376  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  34.38 
 
 		 991 aa  352  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  33.67 
 
 		 986 aa  348  3e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  31.56 
 
 		 993 aa  346  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  33.26 
 
 		 988 aa  341  5e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  33.74 
 
 		 980 aa  291  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  33.84 
 
 		 959 aa  289  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  21.76 
 
 		 911 aa  180  1e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  21.85 
 
 		 914 aa  177  9.999999999999999e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.32 
 
 		 890 aa  157  1e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  29.19 
 
 		 947 aa  81.3  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.6 
 
 		 957 aa  78.2  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  26.45 
 
 		 779 aa  78.2  0.0000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  29 
 
 		 962 aa  74.7  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  27.95 
 
 		 951 aa  72.4  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  25.35 
 
 		 976 aa  71.6  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.69 
 
 		 836 aa  70.1  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  29.27 
 
 		 984 aa  67  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.46 
 
 		 989 aa  65.9  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.28 
 
 		 958 aa  60.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.25 
 
 		 915 aa  59.7  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  33.48 
 
 		 846 aa  58.5  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  26.3 
 
 		 1100 aa  57  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  23.05 
 
 		 794 aa  56.2  0.000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  35.96 
 
 		 142 aa  55.8  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  24.93 
 
 		 997 aa  54.3  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  21.65 
 
 		 919 aa  53.5  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  19.21 
 
 		 911 aa  52.8  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  28.82 
 
 		 856 aa  52.8  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  24.38 
 
 		 911 aa  50.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000754464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  28.57 
 
 		 864 aa  50.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  21.34 
 
 		 858 aa  49.3  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  21.23 
 
 		 951 aa  48.5  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  29.12 
 
 		 990 aa  48.5  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  27.41 
 
 		 1077 aa  47.8  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  24.63 
 
 		 930 aa  46.6  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  25.23 
 
 		 896 aa  47  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.16 
 
 		 916 aa  46.2  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  20.93 
 
 		 858 aa  46.2  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  20.06 
 
 		 909 aa  46.2  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  27.74 
 
 		 913 aa  46.2  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  21.82 
 
 		 1039 aa  45.4  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>