67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2174 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  100 
 
 
1076 aa  2149    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  50.79 
 
 
1043 aa  949    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  40.18 
 
 
1047 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  40.18 
 
 
1047 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  40.09 
 
 
1045 aa  611  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  41.67 
 
 
1037 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  40.26 
 
 
1054 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  40.29 
 
 
1040 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  37.27 
 
 
1049 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  36.76 
 
 
1049 aa  546  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  37.16 
 
 
1053 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.43 
 
 
1048 aa  541  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  35.88 
 
 
1042 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  38.34 
 
 
1015 aa  534  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  37.33 
 
 
1048 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  36.37 
 
 
1049 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  34.8 
 
 
1052 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  35.7 
 
 
1001 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  35.43 
 
 
1052 aa  474  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  35.43 
 
 
1052 aa  476  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.94 
 
 
1042 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  33.97 
 
 
1064 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  33.67 
 
 
1047 aa  456  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  33.64 
 
 
1064 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  33.94 
 
 
1059 aa  436  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  33.09 
 
 
1062 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  35.12 
 
 
1018 aa  411  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  33.73 
 
 
1016 aa  382  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  32.75 
 
 
991 aa  362  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  33.88 
 
 
1014 aa  352  3e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  30.99 
 
 
986 aa  334  7.000000000000001e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  31.66 
 
 
1000 aa  330  8e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  32.06 
 
 
997 aa  324  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  31.72 
 
 
997 aa  318  4e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  29.75 
 
 
977 aa  305  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.02 
 
 
980 aa  302  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  33.64 
 
 
991 aa  301  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  30.73 
 
 
988 aa  289  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  29.16 
 
 
993 aa  265  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  38.05 
 
 
999 aa  251  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  31.21 
 
 
959 aa  248  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  95.65 
 
 
142 aa  176  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  21.86 
 
 
914 aa  164  9e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  21.85 
 
 
911 aa  160  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.86 
 
 
890 aa  113  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  27.56 
 
 
962 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  26.09 
 
 
947 aa  85.5  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.49 
 
 
958 aa  79.3  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  25.81 
 
 
976 aa  79  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  25.71 
 
 
951 aa  70.1  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  26.18 
 
 
779 aa  69.7  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.07 
 
 
957 aa  68.2  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.75 
 
 
836 aa  64.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.08 
 
 
915 aa  60.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  25.81 
 
 
846 aa  57  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  29.79 
 
 
883 aa  56.6  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  31.96 
 
 
856 aa  55.8  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  23.58 
 
 
994 aa  53.5  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  31.15 
 
 
864 aa  52  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.64 
 
 
1106 aa  50.4  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.94 
 
 
1048 aa  50.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  26.5 
 
 
856 aa  48.9  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  26.09 
 
 
856 aa  48.9  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  33.33 
 
 
940 aa  48.5  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  25.07 
 
 
908 aa  47.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  29.38 
 
 
855 aa  45.8  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.17 
 
 
989 aa  45.4  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>