74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0055 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  44.36 
 
 		 1052 aa  778    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  44.36 
 
 		 1052 aa  777    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  63.6 
 
 		 1064 aa  1293    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  40.3 
 
 		 1047 aa  687    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  45.04 
 
 		 1042 aa  786    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  58.96 
 
 		 1059 aa  1181    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  43.42 
 
 		 1052 aa  789    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  100 
 
 		 1062 aa  2124    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  63.6 
 
 		 1064 aa  1279    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  37.86 
 
 		 1047 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  38.06 
 
 		 1047 aa  525  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  37.05 
 
 		 1045 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.12 
 
 		 1048 aa  501  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  37.58 
 
 		 1040 aa  499  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  37.76 
 
 		 1037 aa  498  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  37.26 
 
 		 1054 aa  493  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  35.55 
 
 		 1043 aa  488  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  35.56 
 
 		 1001 aa  486  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  34.33 
 
 		 1049 aa  477  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  35.52 
 
 		 1049 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  35.06 
 
 		 1053 aa  474  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  36.51 
 
 		 1015 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  35.31 
 
 		 1048 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  34.51 
 
 		 1049 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  34.64 
 
 		 1042 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  35.73 
 
 		 1018 aa  446  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  32.82 
 
 		 1076 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  33.43 
 
 		 999 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  31.93 
 
 		 977 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  32.87 
 
 		 1016 aa  379  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  32.43 
 
 		 1000 aa  379  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  32.03 
 
 		 997 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  32.4 
 
 		 997 aa  372  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  33.24 
 
 		 991 aa  347  7e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  32.99 
 
 		 991 aa  338  2.9999999999999997e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  31.61 
 
 		 986 aa  337  7.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  32.08 
 
 		 988 aa  330  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  33.03 
 
 		 1014 aa  310  5.9999999999999995e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  29.99 
 
 		 980 aa  303  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  29.6 
 
 		 993 aa  280  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  36.52 
 
 		 959 aa  138  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  20.77 
 
 		 911 aa  121  6e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  21.17 
 
 		 914 aa  117  7.999999999999999e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.15 
 
 		 957 aa  102  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  26.03 
 
 		 976 aa  99  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  24.12 
 
 		 890 aa  72.4  0.00000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  24.6 
 
 		 947 aa  68.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  24.92 
 
 		 962 aa  67.8  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  22.37 
 
 		 781 aa  66.6  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.91 
 
 		 958 aa  66.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.77 
 
 		 836 aa  65.9  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  23.4 
 
 		 951 aa  63.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  25.59 
 
 		 994 aa  59.7  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  38 
 
 		 142 aa  56.6  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1804  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.4 
 
 		 986 aa  56.2  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  23.98 
 
 		 781 aa  54.7  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  20.36 
 
 		 862 aa  53.5  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000886385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  20.06 
 
 		 872 aa  52.4  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  20.47 
 
 		 911 aa  51.6  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  29.15 
 
 		 846 aa  50.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  28.64 
 
 		 991 aa  50.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  24.26 
 
 		 786 aa  49.7  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  27.01 
 
 		 990 aa  50.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  23.17 
 
 		 858 aa  48.9  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  23.01 
 
 		 919 aa  48.9  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  24.12 
 
 		 788 aa  48.1  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  32.03 
 
 		 1044 aa  47.8  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  30.77 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  30.77 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  30.77 
 
 		 277 aa  47.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  22.19 
 
 		 858 aa  47  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  23.08 
 
 		 779 aa  46.2  0.003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  23.17 
 
 		 951 aa  46.6  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  24.43 
 
 		 913 aa  45.1  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>