85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0034 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  100 
 
 
836 aa  1617    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  32.9 
 
 
951 aa  289  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  34.05 
 
 
962 aa  288  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  36.68 
 
 
947 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.78 
 
 
958 aa  280  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.09 
 
 
957 aa  253  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  35.6 
 
 
976 aa  241  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.93 
 
 
915 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  36.53 
 
 
864 aa  226  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  34.7 
 
 
856 aa  211  5e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  35.21 
 
 
856 aa  211  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  30.2 
 
 
991 aa  198  4.0000000000000005e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  33.19 
 
 
846 aa  191  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  34.9 
 
 
883 aa  187  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  32.85 
 
 
855 aa  181  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  32.11 
 
 
856 aa  175  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  28.82 
 
 
994 aa  171  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  32.5 
 
 
940 aa  124  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  29.81 
 
 
993 aa  103  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.68 
 
 
1042 aa  92.4  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  27.01 
 
 
1045 aa  87.8  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  26.97 
 
 
1049 aa  86.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1287  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.04 
 
 
994 aa  83.2  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  28.23 
 
 
1047 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  30.85 
 
 
1001 aa  80.1  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  27.46 
 
 
1052 aa  80.5  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.81 
 
 
1048 aa  79.7  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  28.23 
 
 
1047 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  29.35 
 
 
1049 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  27.46 
 
 
1052 aa  80.1  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  35.59 
 
 
1015 aa  79  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  29.78 
 
 
1048 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  28.97 
 
 
991 aa  78.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  30.14 
 
 
1054 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  25.59 
 
 
1052 aa  75.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  30.96 
 
 
1053 aa  73.6  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  32.04 
 
 
1059 aa  73.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  26.42 
 
 
1076 aa  70.5  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  27.45 
 
 
1037 aa  68.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  24.77 
 
 
1062 aa  67.8  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  19.35 
 
 
781 aa  65.9  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  28.99 
 
 
1042 aa  65.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  28.03 
 
 
991 aa  65.1  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  22.26 
 
 
1047 aa  63.2  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  30.43 
 
 
1049 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  34.44 
 
 
1000 aa  62.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  32.86 
 
 
1049 aa  62  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  22.73 
 
 
786 aa  61.2  0.00000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  32.68 
 
 
1018 aa  61.2  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  24.68 
 
 
1043 aa  60.8  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  21.18 
 
 
858 aa  59.7  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  26.43 
 
 
1040 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  20.31 
 
 
858 aa  58.2  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  34.76 
 
 
980 aa  58.2  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  28.71 
 
 
908 aa  58.2  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  25.37 
 
 
865 aa  58.2  0.0000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  33.88 
 
 
997 aa  58.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  25 
 
 
780 aa  57.8  0.0000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  26.13 
 
 
984 aa  57  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.16 
 
 
957 aa  55.5  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.18 
 
 
1100 aa  55.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  31.49 
 
 
997 aa  53.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0517  hypothetical protein  24.67 
 
 
960 aa  53.5  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0137071 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  25.35 
 
 
896 aa  52.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  32.76 
 
 
1016 aa  52  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  21.09 
 
 
911 aa  51.6  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3621  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.64 
 
 
906 aa  52  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.221768  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 
1019 aa  51.6  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  27.27 
 
 
783 aa  51.6  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  20 
 
 
788 aa  51.6  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  21.36 
 
 
779 aa  51.2  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  20.3 
 
 
788 aa  50.8  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  28.88 
 
 
999 aa  49.7  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  20.05 
 
 
788 aa  49.7  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  30 
 
 
989 aa  48.9  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  22.99 
 
 
1039 aa  48.5  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3983  hypothetical protein  27.18 
 
 
1100 aa  48.1  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.588967  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2513  ATP-dependent nuclease subunit B-like  30.15 
 
 
1029 aa  46.6  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260712  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  28.09 
 
 
986 aa  46.6  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.06 
 
 
1048 aa  47  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  28.74 
 
 
279 aa  45.4  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  30.49 
 
 
276 aa  45.4  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 
1052 aa  44.7  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  28.24 
 
 
1044 aa  44.3  0.009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  23 
 
 
919 aa  44.3  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>