More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0824 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  82.19 
 
 		 294 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  60.92 
 
 		 294 aa  328  8e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  61.27 
 
 		 294 aa  328  9e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.56 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 386 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.39 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 321 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 325 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 296 aa  99  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 291 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 291 aa  95.9  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.24 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.33 
 
 		 332 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 284 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  31.76 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 284 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.8 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 281 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>