More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1455 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 622 aa  1233    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  48.88 
 
 		 605 aa  537  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  47.87 
 
 		 619 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  48.87 
 
 		 594 aa  527  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  46.15 
 
 		 638 aa  523  1e-147  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  46.53 
 
 		 607 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  46.66 
 
 		 624 aa  513  1e-144  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  45.81 
 
 		 595 aa  497  1e-139  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.88 
 
 		 995 aa  469  9.999999999999999e-131  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.88 
 
 		 990 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  43.34 
 
 		 1029 aa  425  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.03 
 
 		 996 aa  417  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  43.51 
 
 		 1001 aa  410  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.81 
 
 		 981 aa  405  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.46 
 
 		 995 aa  397  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.3 
 
 		 1055 aa  397  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.82 
 
 		 991 aa  388  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.39 
 
 		 991 aa  363  6e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  40.26 
 
 		 473 aa  322  1.9999999999999998e-86  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  51.95 
 
 		 531 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  34.63 
 
 		 613 aa  309  8e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  34.68 
 
 		 613 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  57.61 
 
 		 530 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  34.84 
 
 		 613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  51.6 
 
 		 525 aa  305  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  34.69 
 
 		 637 aa  304  4.0000000000000003e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  34.05 
 
 		 611 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  54.32 
 
 		 533 aa  298  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  51.79 
 
 		 533 aa  296  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  51 
 
 		 532 aa  296  7e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  51.01 
 
 		 532 aa  294  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  53.6 
 
 		 533 aa  294  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  54.34 
 
 		 524 aa  293  7e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  51.85 
 
 		 530 aa  291  3e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  55.22 
 
 		 532 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  53.38 
 
 		 533 aa  290  6e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  50.99 
 
 		 526 aa  286  8e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  53.11 
 
 		 533 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  50.98 
 
 		 532 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  54.41 
 
 		 533 aa  276  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  47.52 
 
 		 530 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  34.27 
 
 		 526 aa  272  1e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  34.27 
 
 		 526 aa  271  2e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  49.33 
 
 		 534 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  35.37 
 
 		 616 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  52.26 
 
 		 529 aa  270  5e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  35.37 
 
 		 616 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  35.37 
 
 		 616 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  35.37 
 
 		 616 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  49.83 
 
 		 526 aa  268  2.9999999999999995e-70  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  34.09 
 
 		 526 aa  266  8.999999999999999e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  52.65 
 
 		 510 aa  266  1e-69  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  35.36 
 
 		 610 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  49.83 
 
 		 554 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  51.25 
 
 		 554 aa  263  8.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  36.06 
 
 		 623 aa  263  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  51.52 
 
 		 521 aa  262  1e-68  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  49.46 
 
 		 532 aa  260  7e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  49.25 
 
 		 399 aa  259  1e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  49.46 
 
 		 533 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  47.26 
 
 		 535 aa  259  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  46.91 
 
 		 594 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  49.1 
 
 		 534 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  46.91 
 
 		 594 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0681  preprotein translocase subunit SecD  35.71 
 
 		 587 aa  258  3e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  49.65 
 
 		 554 aa  258  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  48.74 
 
 		 533 aa  258  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  49.65 
 
 		 554 aa  258  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  44.98 
 
 		 533 aa  256  9e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.3 
 
 		 853 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  50.57 
 
 		 521 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  35.42 
 
 		 554 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  46.33 
 
 		 620 aa  252  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  43.85 
 
 		 614 aa  252  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  44.77 
 
 		 512 aa  250  5e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  47.58 
 
 		 843 aa  250  7e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  49.81 
 
 		 526 aa  249  2e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  47.79 
 
 		 503 aa  248  2e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  48.48 
 
 		 413 aa  248  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  47.1 
 
 		 618 aa  248  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  48.74 
 
 		 533 aa  248  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  48.38 
 
 		 533 aa  247  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  45.55 
 
 		 522 aa  247  4e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  45.3 
 
 		 535 aa  244  3.9999999999999997e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  35.5 
 
 		 515 aa  243  5e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  46.24 
 
 		 406 aa  243  7.999999999999999e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  45.72 
 
 		 599 aa  242  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  44.85 
 
 		 556 aa  241  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  44.44 
 
 		 554 aa  241  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  47.78 
 
 		 531 aa  240  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  49.14 
 
 		 457 aa  240  5e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  45.85 
 
 		 403 aa  240  5e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000764404  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  42.41 
 
 		 616 aa  240  5e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 		 508 aa  239  8e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.82 
 
 		 856 aa  239  8e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  45.91 
 
 		 622 aa  239  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.37 
 
 		 856 aa  239  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.79 
 
 		 625 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  45.75 
 
 		 617 aa  239  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  43.73 
 
 		 531 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>