More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1929 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 358 aa  715    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 337 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  67.86 
 
 		 329 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  66.55 
 
 		 331 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  70.18 
 
 		 332 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  64.36 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 317 aa  327  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 319 aa  325  7e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  58.12 
 
 		 316 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 314 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  60.84 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  60.84 
 
 		 314 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 314 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  60.49 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  61.43 
 
 		 311 aa  315  9e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  55.12 
 
 		 321 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 316 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  57.01 
 
 		 338 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 316 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 324 aa  298  7e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 314 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 314 aa  288  7e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  45.82 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  30.6 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  28.85 
 
 		 282 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.74 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.93 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 292 aa  92.8  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  30.96 
 
 		 285 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.76 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 280 aa  88.6  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  26.6 
 
 		 288 aa  86.3  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 274 aa  85.9  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.85 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  28.21 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  32.08 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32.07 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  25.1 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.71 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  32.07 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.22 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.93 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.36 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.12 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.94 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.16 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.45 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.33 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>