272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0955 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  87.53 
 
 		 369 aa  676    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  86.45 
 
 		 369 aa  675    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  88.62 
 
 		 369 aa  686    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  88.89 
 
 		 369 aa  689    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  100 
 
 		 369 aa  762    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  89.16 
 
 		 397 aa  690    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  90.51 
 
 		 369 aa  701    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  61.2 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  59.25 
 
 		 373 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  59.25 
 
 		 373 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  58.98 
 
 		 372 aa  436  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  58.86 
 
 		 363 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  58.89 
 
 		 373 aa  432  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  58.81 
 
 		 372 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  59.15 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  58.36 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  57.71 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  57.53 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  57.41 
 
 		 368 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.97 
 
 		 375 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.7 
 
 		 375 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  56.08 
 
 		 376 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  55.7 
 
 		 375 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  57.3 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  57.03 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  57.45 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  57.03 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  56.49 
 
 		 365 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  52.93 
 
 		 373 aa  359  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  51.46 
 
 		 372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  27.51 
 
 		 471 aa  114  4.0000000000000004e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  27.25 
 
 		 480 aa  103  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  25.32 
 
 		 476 aa  99.8  7e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  31.53 
 
 		 678 aa  99  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  26.46 
 
 		 473 aa  97.8  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  30.75 
 
 		 641 aa  97.1  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  26.32 
 
 		 745 aa  96.7  6e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  29.21 
 
 		 653 aa  95.9  9e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  24.18 
 
 		 469 aa  90.1  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  26.27 
 
 		 731 aa  88.6  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  30.87 
 
 		 720 aa  86.7  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  27.53 
 
 		 728 aa  86.3  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  27.63 
 
 		 738 aa  85.9  9e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.57 
 
 		 825 aa  85.9  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.18 
 
 		 736 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.57 
 
 		 907 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.62 
 
 		 728 aa  85.5  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  27.49 
 
 		 726 aa  84.7  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  29.14 
 
 		 736 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  27.37 
 
 		 726 aa  84  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.3 
 
 		 740 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  27.53 
 
 		 711 aa  83.6  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.46 
 
 		 744 aa  82.8  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  26.09 
 
 		 742 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  26.3 
 
 		 722 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.25 
 
 		 728 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  26.99 
 
 		 724 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  25.28 
 
 		 792 aa  81.6  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  26.4 
 
 		 515 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  27.07 
 
 		 731 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  27.47 
 
 		 511 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.36 
 
 		 728 aa  80.5  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.86 
 
 		 746 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  26.21 
 
 		 511 aa  80.1  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.38 
 
 		 766 aa  79.7  0.00000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  25.85 
 
 		 710 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.87 
 
 		 739 aa  79.7  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  26.11 
 
 		 566 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.68 
 
 		 744 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  26.11 
 
 		 566 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  26.72 
 
 		 741 aa  79  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.18 
 
 		 750 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  27.59 
 
 		 659 aa  79  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  26.88 
 
 		 742 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.87 
 
 		 735 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.01 
 
 		 731 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  26.97 
 
 		 725 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0188  putative helicase  28.42 
 
 		 788 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609464  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  26.68 
 
 		 736 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  26.4 
 
 		 728 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  27.39 
 
 		 733 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  26.44 
 
 		 738 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  25.83 
 
 		 563 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  27.42 
 
 		 742 aa  76.6  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  24.86 
 
 		 719 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  25.11 
 
 		 475 aa  76.3  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  33.67 
 
 		 761 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  27.04 
 
 		 825 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  27.04 
 
 		 825 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  30.15 
 
 		 740 aa  75.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  25.46 
 
 		 728 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  26.12 
 
 		 737 aa  75.1  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  26.25 
 
 		 733 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  26.49 
 
 		 731 aa  74.7  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  25.45 
 
 		 727 aa  73.9  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  26.87 
 
 		 733 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  30 
 
 		 715 aa  73.9  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  24.36 
 
 		 754 aa  73.9  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  26.56 
 
 		 727 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  25.79 
 
 		 778 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>