299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3075 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  100 
 
 		 232 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  63.76 
 
 		 334 aa  282  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  61.8 
 
 		 332 aa  275  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  61.8 
 
 		 332 aa  275  6e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  58.8 
 
 		 334 aa  271  7e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  61.75 
 
 		 327 aa  270  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  57.94 
 
 		 325 aa  266  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  57.51 
 
 		 323 aa  266  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  59.17 
 
 		 326 aa  263  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  57.87 
 
 		 338 aa  259  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  60.19 
 
 		 338 aa  242  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  54.35 
 
 		 276 aa  236  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  52.56 
 
 		 329 aa  231  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  55.35 
 
 		 337 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  54.42 
 
 		 337 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  54.42 
 
 		 337 aa  221  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  54.42 
 
 		 337 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  55.17 
 
 		 318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  47.41 
 
 		 333 aa  216  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  46.12 
 
 		 335 aa  204  9e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  43.12 
 
 		 320 aa  201  5e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  56.18 
 
 		 694 aa  200  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  45.69 
 
 		 330 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  46.23 
 
 		 408 aa  194  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  45.69 
 
 		 462 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  45.41 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  58.82 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  53.88 
 
 		 319 aa  184  8e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  41.28 
 
 		 373 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  58.11 
 
 		 156 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  44.8 
 
 		 319 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  44.34 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  43.64 
 
 		 319 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  43.64 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  42.06 
 
 		 320 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  43.89 
 
 		 319 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  43.64 
 
 		 319 aa  171  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  38.14 
 
 		 327 aa  168  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  42.8 
 
 		 318 aa  166  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  40.19 
 
 		 319 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  40.19 
 
 		 319 aa  161  9e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  38.64 
 
 		 319 aa  159  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  40.38 
 
 		 319 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  41.23 
 
 		 449 aa  154  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  43.13 
 
 		 468 aa  154  9e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  40.28 
 
 		 452 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  39.81 
 
 		 453 aa  149  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  39.81 
 
 		 457 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  39.11 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  39.55 
 
 		 324 aa  142  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  34.4 
 
 		 318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  35.89 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  33.49 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  44.74 
 
 		 150 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1565  phage integrase  56.07 
 
 		 114 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  31.96 
 
 		 279 aa  94.7  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  36.53 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  33.91 
 
 		 283 aa  92.4  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00520  site-specific recombinase  51.11 
 
 		 120 aa  90.9  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  33.71 
 
 		 283 aa  89  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2048  integrase domain-containing protein  38.73 
 
 		 187 aa  88.6  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212868  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  32.58 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  37.36 
 
 		 270 aa  81.6  0.000000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  32.02 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30.81 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  32.02 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  32.02 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  30.97 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0031  hypothetical protein  61.76 
 
 		 92 aa  79.3  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568245 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  34.12 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  36.31 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  34.55 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  35.8 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  35.8 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  31.55 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  31.55 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  35.71 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  35.22 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.62 
 
 		 284 aa  72  0.000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 362 aa  71.6  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  32.05 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  31.38 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1651  integron integrase  63.83 
 
 		 57 aa  68.9  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  32.95 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  29.57 
 
 		 286 aa  68.6  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  27.94 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  27.94 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  35 
 
 		 296 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  31.43 
 
 		 291 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  35 
 
 		 296 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2629  integron integrase  41.38 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3768  integrase  58.93 
 
 		 67 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  28.8 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  30.68 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  27.45 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  31.52 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  31.52 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  27.45 
 
 		 287 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>