More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0425 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  100 
 
 		 373 aa  780    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  53.37 
 
 		 329 aa  352  5.9999999999999994e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  46.42 
 
 		 330 aa  310  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  46.91 
 
 		 327 aa  306  3e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  43.93 
 
 		 333 aa  300  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  46.71 
 
 		 334 aa  296  4e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  45.43 
 
 		 327 aa  293  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  45.05 
 
 		 319 aa  291  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  44.23 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  44.27 
 
 		 338 aa  290  4e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  45.71 
 
 		 334 aa  289  6e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  47.6 
 
 		 462 aa  288  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  44.41 
 
 		 319 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  46.39 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  46.23 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  46.23 
 
 		 332 aa  286  5e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  43.91 
 
 		 318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  43.91 
 
 		 319 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  43.91 
 
 		 319 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  43.27 
 
 		 319 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  43.63 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  45.6 
 
 		 326 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  43.26 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  43.26 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  43.26 
 
 		 337 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  45.25 
 
 		 338 aa  263  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  42.99 
 
 		 337 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  43.73 
 
 		 320 aa  262  8e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  45.02 
 
 		 320 aa  260  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  41.94 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  39.81 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  38.61 
 
 		 320 aa  249  8e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  42.36 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  41.19 
 
 		 335 aa  245  9.999999999999999e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  41.31 
 
 		 408 aa  243  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  39.37 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  39.35 
 
 		 319 aa  243  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  39.05 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  44.44 
 
 		 324 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  41.78 
 
 		 318 aa  239  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  46.64 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  41.95 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  40.13 
 
 		 449 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  39.87 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  39.7 
 
 		 276 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  38.85 
 
 		 468 aa  206  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  39.22 
 
 		 453 aa  204  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  37.58 
 
 		 452 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  36.6 
 
 		 319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  41.28 
 
 		 232 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  36.84 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  52.67 
 
 		 159 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  34.68 
 
 		 694 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  29.87 
 
 		 283 aa  122  9e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  30.25 
 
 		 270 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  28.52 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  28.52 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  28.52 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  37.86 
 
 		 150 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  31.61 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  28.2 
 
 		 292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30.77 
 
 		 390 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  28.74 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  29.8 
 
 		 284 aa  116  6.9999999999999995e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  31.5 
 
 		 290 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  31.46 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  31.46 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  31.23 
 
 		 291 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  31.15 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  29.1 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  28.15 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  30.23 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  29.64 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  29.64 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  30.65 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  28.88 
 
 		 291 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  28.53 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  28.57 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  26.12 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  27.16 
 
 		 295 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  30.85 
 
 		 266 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30.39 
 
 		 286 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  31.7 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  29.38 
 
 		 298 aa  96.7  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.35 
 
 		 307 aa  96.3  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.8 
 
 		 295 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 298 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  29.62 
 
 		 297 aa  94  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.71 
 
 		 320 aa  94  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 283 aa  93.6  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  29.56 
 
 		 314 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 283 aa  93.2  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  33.56 
 
 		 156 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  29 
 
 		 286 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  26.09 
 
 		 296 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  27.41 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>