More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1377 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  100 
 
 		 333 aa  692    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  80.91 
 
 		 330 aa  569  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  54.92 
 
 		 327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  54.57 
 
 		 334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  50.3 
 
 		 338 aa  348  6e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  51.67 
 
 		 334 aa  343  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  53.02 
 
 		 326 aa  332  5e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  52.37 
 
 		 325 aa  332  6e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  51.1 
 
 		 332 aa  332  7.000000000000001e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  50.79 
 
 		 332 aa  329  4e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  50.63 
 
 		 323 aa  325  9e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  50.62 
 
 		 462 aa  324  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  52.98 
 
 		 338 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  49.21 
 
 		 329 aa  315  5e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  47 
 
 		 320 aa  309  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  46.47 
 
 		 408 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  43.93 
 
 		 373 aa  300  2e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  47.28 
 
 		 320 aa  296  4e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  52.76 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  46.52 
 
 		 318 aa  292  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  45.96 
 
 		 337 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  45.65 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  45.65 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  45.65 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  54.95 
 
 		 291 aa  289  6e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  44.79 
 
 		 335 aa  288  8e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  53.36 
 
 		 276 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  43.17 
 
 		 327 aa  282  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  45.57 
 
 		 322 aa  282  7.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  44.41 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  43.26 
 
 		 319 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  43.99 
 
 		 319 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  43.67 
 
 		 319 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  43.57 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  41.77 
 
 		 319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  43.35 
 
 		 319 aa  266  5e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  43.89 
 
 		 324 aa  264  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  43.04 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  41.51 
 
 		 320 aa  263  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  43.67 
 
 		 319 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  41.74 
 
 		 457 aa  256  3e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  43.29 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  42.02 
 
 		 468 aa  251  9.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  41.69 
 
 		 449 aa  250  3e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  41.59 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  41.04 
 
 		 453 aa  240  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  39.68 
 
 		 452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  43.61 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  47.41 
 
 		 232 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  40.52 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  40.86 
 
 		 279 aa  209  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  46.03 
 
 		 694 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  32.5 
 
 		 270 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  46.05 
 
 		 159 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  32.57 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  30.37 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  33.44 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  33.44 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  30.13 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  31.61 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  34.11 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  44.9 
 
 		 156 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.79 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  27.94 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  41.61 
 
 		 150 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  28.24 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  29.64 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  29.07 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  30.24 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  28.95 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  28.95 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  28.95 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.29 
 
 		 284 aa  113  5e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  28.43 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  25.89 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  29.26 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  29.43 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  27.9 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  33.58 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  32.47 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  29.68 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  29.68 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  30.07 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1565  phage integrase  51.85 
 
 		 114 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  28.34 
 
 		 291 aa  102  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  30.98 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  31.15 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  31.62 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  28.19 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  31.25 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.58 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  29.3 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.8 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  30.53 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  28.43 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>