More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0534 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  100 
 
 		 327 aa  677    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  50.46 
 
 		 329 aa  346  4e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  46.91 
 
 		 373 aa  306  3e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  43.56 
 
 		 334 aa  288  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  46.23 
 
 		 462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  43.17 
 
 		 333 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  44.06 
 
 		 330 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  43.4 
 
 		 323 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  43.49 
 
 		 319 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  41.52 
 
 		 332 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  41.21 
 
 		 332 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  42.48 
 
 		 408 aa  268  8.999999999999999e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  41.64 
 
 		 326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  40.31 
 
 		 334 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  43.27 
 
 		 319 aa  265  7e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  41.4 
 
 		 325 aa  265  8e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  41.25 
 
 		 318 aa  264  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  40.57 
 
 		 327 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  42.95 
 
 		 319 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  39.74 
 
 		 322 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  42.31 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  42.41 
 
 		 338 aa  256  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  40.76 
 
 		 319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  39.81 
 
 		 319 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  40.76 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  39.1 
 
 		 319 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  39.81 
 
 		 338 aa  249  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  40.13 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  40.19 
 
 		 337 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  41.72 
 
 		 320 aa  246  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  39.87 
 
 		 337 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  39.87 
 
 		 337 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  39.87 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  41.53 
 
 		 324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  38.68 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  38.29 
 
 		 335 aa  236  4e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  40 
 
 		 320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  41.24 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  41.48 
 
 		 291 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  38.85 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  37.58 
 
 		 452 aa  219  5e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  38.76 
 
 		 468 aa  218  7.999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  39.45 
 
 		 318 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  37.79 
 
 		 453 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  36.14 
 
 		 449 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  36.76 
 
 		 457 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  38.67 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  38.95 
 
 		 276 aa  202  9e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  37.45 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  37.79 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  38.14 
 
 		 232 aa  168  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  45.33 
 
 		 159 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  33.23 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  31.1 
 
 		 390 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  35.18 
 
 		 694 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  29.74 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  28.09 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  28.09 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  28.09 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 279 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  28.4 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  40 
 
 		 150 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  30.18 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  29.48 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  31.73 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  29.88 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  24.3 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  29.85 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  28.53 
 
 		 290 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  30.3 
 
 		 291 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  27.73 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  27.58 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  27.61 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  28.31 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.86 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  26.13 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  28.01 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.48 
 
 		 284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  28.53 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  28.84 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  26.13 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  28.01 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  28.84 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  28.25 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  28.18 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  28.18 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  27.69 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  28.13 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  28.35 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  30.7 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  27.39 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  30.19 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  29.33 
 
 		 265 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>