More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02003 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  100 
 
 		 318 aa  662    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  86.89 
 
 		 320 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  65.25 
 
 		 320 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  55.08 
 
 		 324 aa  338  9e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  52.79 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  48.03 
 
 		 323 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  44.34 
 
 		 327 aa  269  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  46.89 
 
 		 330 aa  267  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  44.92 
 
 		 319 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  44.59 
 
 		 319 aa  265  8e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  44.55 
 
 		 329 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  45.95 
 
 		 338 aa  263  4e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  44.59 
 
 		 319 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  40.88 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  43.93 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  42.24 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  46.62 
 
 		 279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  43.29 
 
 		 333 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  41.94 
 
 		 373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  43.93 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  45.08 
 
 		 462 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  42.58 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  43.89 
 
 		 318 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  44.78 
 
 		 326 aa  248  7e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  43.77 
 
 		 408 aa  248  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  42.24 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  42.24 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  42.26 
 
 		 337 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  42.26 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  42.26 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  42.24 
 
 		 319 aa  242  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  41.94 
 
 		 337 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  44.97 
 
 		 338 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  42.81 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  40.27 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  41.24 
 
 		 327 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  39.47 
 
 		 322 aa  229  6e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  39.8 
 
 		 453 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  39.46 
 
 		 468 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  39.58 
 
 		 449 aa  221  9e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  46.51 
 
 		 291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  38.83 
 
 		 452 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  38.54 
 
 		 457 aa  209  5e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  40.91 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  39.71 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  37.03 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  36.71 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  35.53 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  37.58 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  43.46 
 
 		 694 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  34.4 
 
 		 232 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  34.27 
 
 		 279 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  32.79 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  32.1 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  32.77 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  46 
 
 		 159 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  30.74 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  41.72 
 
 		 150 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  34.22 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  34.22 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  32.99 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.97 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.97 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  30.43 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  33.45 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.27 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  34.11 
 
 		 290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  30.24 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  30.24 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  30.24 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.65 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  30.9 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  32.44 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  30.19 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  31.41 
 
 		 270 aa  114  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  36.19 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  32.23 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  28.71 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  32.27 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  30.26 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  31.82 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30.33 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.59 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  30.55 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  31.41 
 
 		 286 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  29.08 
 
 		 298 aa  109  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  30.54 
 
 		 291 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  29.84 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>