More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03738 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  100 
 
 		 322 aa  667    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  54.37 
 
 		 320 aa  354  1e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  52.81 
 
 		 320 aa  345  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  52.79 
 
 		 318 aa  324  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  52.19 
 
 		 324 aa  323  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  47.65 
 
 		 334 aa  298  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  47.94 
 
 		 327 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  51.91 
 
 		 279 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  47.02 
 
 		 334 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  43.53 
 
 		 332 aa  275  6e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  47.48 
 
 		 338 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  43.22 
 
 		 332 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  44.41 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  45.07 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  44.69 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  44.3 
 
 		 462 aa  265  8e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  45.54 
 
 		 326 aa  258  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  44.34 
 
 		 337 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  44.03 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  44.03 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  41.64 
 
 		 338 aa  249  6e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  42.36 
 
 		 373 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  40.38 
 
 		 329 aa  246  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  43.4 
 
 		 337 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  42.14 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  41.25 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  40.62 
 
 		 319 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  40.31 
 
 		 319 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  40.62 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  40.31 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  40.25 
 
 		 319 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  39.43 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  47.83 
 
 		 291 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 408 aa  226  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  38.29 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  37.97 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  38.85 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  35 
 
 		 320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  36.99 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  35.74 
 
 		 322 aa  209  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  38.05 
 
 		 468 aa  207  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  38.21 
 
 		 453 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  37.95 
 
 		 449 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  40.65 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  37.29 
 
 		 457 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  36.91 
 
 		 452 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  39.68 
 
 		 276 aa  185  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  35.5 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  36.88 
 
 		 694 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  48.03 
 
 		 159 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  35.89 
 
 		 232 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  32.55 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  30.75 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  31.29 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  33.96 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  32.7 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  32.39 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  32.39 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  29.13 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  31.85 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  29.13 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  29.13 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  28.71 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  29.03 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  30.37 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  41.22 
 
 		 150 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  32.26 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  28.8 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  30.13 
 
 		 279 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30.13 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  31.55 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30.65 
 
 		 390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  30.28 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.72 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  30.22 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  31.89 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  42.07 
 
 		 156 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  29.34 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.72 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  28.8 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  28.84 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.81 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.81 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  29.71 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30.25 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  33.33 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.37 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>