109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4142 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  100 
 
 		 156 aa  317  6e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  68.75 
 
 		 326 aa  200  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  67.83 
 
 		 332 aa  200  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  67.83 
 
 		 332 aa  200  6e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  58.11 
 
 		 232 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  59.86 
 
 		 334 aa  177  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  58.04 
 
 		 334 aa  174  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  57.43 
 
 		 325 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  57.64 
 
 		 323 aa  170  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  62.07 
 
 		 338 aa  169  9e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  55.86 
 
 		 327 aa  164  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  59.15 
 
 		 337 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  59.15 
 
 		 337 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  56.74 
 
 		 338 aa  161  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  59.15 
 
 		 337 aa  161  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  59.15 
 
 		 337 aa  161  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  57.04 
 
 		 694 aa  158  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  52.11 
 
 		 276 aa  143  8.000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  48.98 
 
 		 330 aa  136  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  42.96 
 
 		 320 aa  134  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  47.89 
 
 		 329 aa  130  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  44.9 
 
 		 333 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  46.21 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  48.3 
 
 		 318 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  56.03 
 
 		 318 aa  128  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  46.21 
 
 		 319 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  54.61 
 
 		 319 aa  123  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  44.83 
 
 		 319 aa  122  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  44.14 
 
 		 319 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  44.83 
 
 		 319 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  42.14 
 
 		 322 aa  121  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  46.43 
 
 		 304 aa  120  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  43.45 
 
 		 319 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 408 aa  117  7e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  42.36 
 
 		 320 aa  116  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1565  phage integrase  53.27 
 
 		 114 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  41.55 
 
 		 452 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  43.45 
 
 		 150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  59.22 
 
 		 291 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  42.14 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  42.07 
 
 		 322 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  36.84 
 
 		 335 aa  111  4.0000000000000004e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  40.97 
 
 		 457 aa  110  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  40.85 
 
 		 449 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  43.18 
 
 		 279 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  41.61 
 
 		 468 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  41.43 
 
 		 319 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  43.26 
 
 		 462 aa  103  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  35.42 
 
 		 320 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  41.73 
 
 		 324 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  36.88 
 
 		 318 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  40.85 
 
 		 319 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  39.57 
 
 		 453 aa  101  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  33.56 
 
 		 373 aa  92  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  34.75 
 
 		 327 aa  85.5  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00520  site-specific recombinase  46.59 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2048  integrase domain-containing protein  34.48 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212868  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4831  integrase  55.17 
 
 		 77 aa  63.9  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  31.69 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2629  integron integrase  38.04 
 
 		 90 aa  63.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0031  hypothetical protein  54.72 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568245 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  35.86 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  28.97 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3735  integrase  37.66 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 283 aa  58.2  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 283 aa  57.4  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  30.14 
 
 		 292 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  31.69 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  29.45 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  29.45 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  29.45 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1651  integron integrase  44.44 
 
 		 57 aa  53.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  30.57 
 
 		 294 aa  51.6  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  29.05 
 
 		 287 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  29.05 
 
 		 287 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3768  integrase  46.15 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  28.28 
 
 		 287 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  28.28 
 
 		 287 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  28.38 
 
 		 287 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 292 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  26.53 
 
 		 286 aa  48.9  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 292 aa  48.9  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  32.21 
 
 		 302 aa  48.1  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  27.42 
 
 		 296 aa  48.1  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  28.77 
 
 		 301 aa  48.1  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  28.38 
 
 		 287 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  28.38 
 
 		 287 aa  47.4  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.37 
 
 		 295 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  32.09 
 
 		 295 aa  46.2  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  29.25 
 
 		 291 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  29.25 
 
 		 289 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  28.76 
 
 		 266 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 235 aa  44.7  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  27.85 
 
 		 283 aa  44.7  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  28.76 
 
 		 291 aa  44.3  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  28.76 
 
 		 291 aa  44.3  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.03 
 
 		 295 aa  44.3  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  27.7 
 
 		 287 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  27.7 
 
 		 287 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  31.76 
 
 		 302 aa  43.9  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>