More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003169 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  100 
 
 
320 aa  665    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  86.89 
 
 
318 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  67.19 
 
 
320 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  52.81 
 
 
322 aa  345  5e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  53.44 
 
 
324 aa  345  7e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  42.95 
 
 
325 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  45.94 
 
 
319 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  45.54 
 
 
327 aa  279  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  45.62 
 
 
319 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  47.17 
 
 
323 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  45.31 
 
 
319 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  44.69 
 
 
319 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  44.69 
 
 
338 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  44.38 
 
 
319 aa  269  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  42.54 
 
 
329 aa  266  4e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  43.71 
 
 
330 aa  265  7e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  43.22 
 
 
337 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  43.22 
 
 
337 aa  264  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  43.22 
 
 
337 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  42.01 
 
 
334 aa  263  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  44.34 
 
 
319 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  41.51 
 
 
333 aa  263  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  43.73 
 
 
373 aa  262  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  39.81 
 
 
320 aa  262  6.999999999999999e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  42.59 
 
 
334 aa  261  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  42.59 
 
 
337 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  44.19 
 
 
462 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  43.08 
 
 
318 aa  256  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  41.96 
 
 
332 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  41.96 
 
 
332 aa  256  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  46.74 
 
 
279 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  41.07 
 
 
335 aa  251  2e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  43.63 
 
 
326 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  43.05 
 
 
408 aa  249  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  42.99 
 
 
338 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  40 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  42.07 
 
 
318 aa  229  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  38.87 
 
 
322 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  41.58 
 
 
449 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  44.85 
 
 
291 aa  226  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  40.07 
 
 
468 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  40.53 
 
 
453 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  39.8 
 
 
457 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  38.61 
 
 
319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  38.92 
 
 
319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  39.49 
 
 
452 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  36.05 
 
 
319 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  40.91 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  38.6 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  34.19 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  43.89 
 
 
694 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  49.34 
 
 
159 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  32.89 
 
 
279 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  33.49 
 
 
232 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  32.28 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  35.91 
 
 
295 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  43.71 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  31.39 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  31.72 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  34.81 
 
 
290 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  31.39 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  31.39 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  34.81 
 
 
290 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  29.77 
 
 
283 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  31.21 
 
 
302 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  30.55 
 
 
302 aa  122  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  31.1 
 
 
270 aa  120  3e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  32.17 
 
 
289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  31.51 
 
 
301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  32.8 
 
 
290 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  28.86 
 
 
291 aa  119  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.23 
 
 
296 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  30.62 
 
 
295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  37.04 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.23 
 
 
296 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  30.57 
 
 
295 aa  116  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  32.28 
 
 
291 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.23 
 
 
299 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30.55 
 
 
286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 
296 aa  113  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  35.05 
 
 
297 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  35.68 
 
 
295 aa  112  8.000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  30.23 
 
 
305 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 
292 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  32.55 
 
 
291 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.35 
 
 
284 aa  112  9e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  29.14 
 
 
292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  34.4 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  34.4 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 
301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>