More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2037 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 319 aa  666    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  94.98 
 
 		 319 aa  637    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  91.85 
 
 		 319 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  92.16 
 
 		 319 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  91.85 
 
 		 319 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  63.01 
 
 		 319 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  64.76 
 
 		 318 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  70.22 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  46.37 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  47.94 
 
 		 338 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  44.87 
 
 		 329 aa  291  7e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  45.05 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  47.02 
 
 		 334 aa  290  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  48.24 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  46.67 
 
 		 332 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  47.17 
 
 		 327 aa  281  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  46.35 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  46.23 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  45.94 
 
 		 326 aa  276  4e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  44.9 
 
 		 337 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  44.9 
 
 		 337 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  47.04 
 
 		 462 aa  275  5e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  44.9 
 
 		 337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  44.9 
 
 		 337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  44.38 
 
 		 320 aa  271  8.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  44.38 
 
 		 320 aa  269  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  44.38 
 
 		 325 aa  269  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  47.5 
 
 		 324 aa  268  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  44.3 
 
 		 330 aa  266  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  43.35 
 
 		 333 aa  266  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  44.27 
 
 		 319 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  43.95 
 
 		 319 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  43.85 
 
 		 319 aa  259  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  43.93 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  42.3 
 
 		 408 aa  256  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  39.81 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  40.75 
 
 		 320 aa  252  5.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  45.25 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  44.64 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  47.6 
 
 		 291 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  40.62 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  41.46 
 
 		 335 aa  233  3e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  42.86 
 
 		 449 aa  229  4e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  41.74 
 
 		 468 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  44.37 
 
 		 319 aa  221  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  41.21 
 
 		 452 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  40.63 
 
 		 457 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  41.21 
 
 		 453 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  41.2 
 
 		 276 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  59.33 
 
 		 150 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  37.89 
 
 		 279 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  43.64 
 
 		 232 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  47.59 
 
 		 694 aa  160  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  30.38 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  30.38 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  30.38 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  30.38 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 279 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  32.39 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  30.31 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30.16 
 
 		 390 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  29.81 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  31.61 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  31.61 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  30.38 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  30.84 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  44.08 
 
 		 159 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  29.43 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  29.43 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  29.69 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  29.94 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  30.06 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  29.25 
 
 		 291 aa  123  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  44.83 
 
 		 156 aa  122  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.77 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30.53 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  29.43 
 
 		 270 aa  119  7.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  31.31 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  25.63 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  28.04 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  26.75 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  31.82 
 
 		 290 aa  113  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  31.1 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  30.53 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  35.07 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  34.74 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  28.82 
 
 		 266 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.84 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>