More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1145 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
408 aa  853    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  49.45 
 
 
462 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  50.98 
 
 
327 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  51.8 
 
 
334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  51.31 
 
 
338 aa  325  8.000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  52.24 
 
 
326 aa  322  7e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  51.13 
 
 
332 aa  319  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  51.13 
 
 
332 aa  318  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  49.84 
 
 
334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  50 
 
 
323 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  48.85 
 
 
325 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  46.47 
 
 
333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  47.6 
 
 
330 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  49.21 
 
 
337 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  49.21 
 
 
337 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  49.21 
 
 
337 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  48.46 
 
 
337 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  43.34 
 
 
335 aa  291  2e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  50.33 
 
 
338 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  46.03 
 
 
329 aa  288  8e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  44.77 
 
 
318 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  36.74 
 
 
457 aa  276  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  35.99 
 
 
453 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  43.93 
 
 
322 aa  273  3e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  42.48 
 
 
327 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  35.68 
 
 
449 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  42.95 
 
 
468 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  34.92 
 
 
452 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  50.37 
 
 
291 aa  259  6e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  42.95 
 
 
320 aa  259  7e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  41.16 
 
 
319 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  42.3 
 
 
319 aa  256  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  41.97 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  41.64 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  41.64 
 
 
319 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  39.94 
 
 
320 aa  252  1e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  41.64 
 
 
319 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  43.05 
 
 
320 aa  249  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  48.75 
 
 
318 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  43.77 
 
 
318 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  40 
 
 
319 aa  247  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  40.65 
 
 
319 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  41.31 
 
 
373 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  41.5 
 
 
324 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  39.02 
 
 
319 aa  237  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  44.15 
 
 
276 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  39.34 
 
 
322 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  42.33 
 
 
319 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  46.23 
 
 
232 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  37.31 
 
 
304 aa  190  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  36.92 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  56 
 
 
159 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  34.75 
 
 
279 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  42.47 
 
 
694 aa  155  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  36.59 
 
 
291 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  36.05 
 
 
295 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  34.08 
 
 
283 aa  153  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  34.15 
 
 
301 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  35.78 
 
 
290 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  35.87 
 
 
290 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  35.87 
 
 
290 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  33.99 
 
 
291 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  33.54 
 
 
302 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  35.02 
 
 
291 aa  143  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  32.19 
 
 
289 aa  143  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  30.09 
 
 
292 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  31.8 
 
 
390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  34.06 
 
 
291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  35.13 
 
 
291 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  35.13 
 
 
291 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  29.47 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  29.47 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  29.47 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  33.96 
 
 
291 aa  137  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  31.25 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  32.68 
 
 
295 aa  134  3e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  30.75 
 
 
291 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  31.11 
 
 
282 aa  129  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  33.44 
 
 
286 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  32.04 
 
 
270 aa  126  8.000000000000001e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.28 
 
 
290 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  29 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  30.84 
 
 
290 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  28.2 
 
 
283 aa  119  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  30.74 
 
 
265 aa  118  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  30.49 
 
 
286 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  43.06 
 
 
156 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  33.79 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 
292 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 
296 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  28.9 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  28.57 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  30.72 
 
 
299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 
320 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 
292 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 
303 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  40.85 
 
 
150 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  28.9 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.59 
 
 
296 aa  110  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  27.24 
 
 
283 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>