More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0858 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  100 
 
 		 289 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  61.7 
 
 		 291 aa  351  7e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  62.5 
 
 		 286 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  61.97 
 
 		 301 aa  348  6e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  61.13 
 
 		 291 aa  344  8e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  59.22 
 
 		 290 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  56.25 
 
 		 295 aa  332  6e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  62.86 
 
 		 291 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  62.28 
 
 		 291 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  62.28 
 
 		 291 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  56.43 
 
 		 290 aa  318  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  56.43 
 
 		 290 aa  318  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  55.9 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  56.58 
 
 		 291 aa  308  8e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  56.7 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  61.96 
 
 		 266 aa  292  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  48.18 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  48.18 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  48.18 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  47.81 
 
 		 292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  55.98 
 
 		 259 aa  245  8e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  40.28 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  36.36 
 
 		 283 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  38.1 
 
 		 291 aa  175  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  41.54 
 
 		 286 aa  175  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  35.38 
 
 		 283 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  37.37 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3124  putative integrase/recombinase  67.8 
 
 		 185 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505394  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  38.29 
 
 		 265 aa  152  8.999999999999999e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  32.49 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  32.49 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  32.49 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  32.19 
 
 		 408 aa  143  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  32.17 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  32.17 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  32.17 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  32.17 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  32.17 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  32.17 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  32.17 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  32.17 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  32.17 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  34.32 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  31.49 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5312  integrase/recombinase  54.1 
 
 		 137 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.169843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  33.33 
 
 		 390 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  30.62 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  33.7 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  30.23 
 
 		 283 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  30.48 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  30.03 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  34.08 
 
 		 462 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  31.72 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  36.13 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 325 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  31.37 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  32.14 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  30.84 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  33.01 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  28.39 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  29.48 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  34.18 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  32 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  32.17 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  28.66 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  37.82 
 
 		 210 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  28.35 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  32.05 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  32.61 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  27.36 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  29.84 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  29.84 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  30.28 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  30.67 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  30.65 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  31.21 
 
 		 453 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  29.91 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  33.46 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  34.15 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  27.95 
 
 		 335 aa  116  5e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.35 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  28.04 
 
 		 319 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  31.31 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  32.44 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  28.04 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  32.72 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  30.89 
 
 		 452 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  30.41 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  32.92 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  30.41 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  30.41 
 
 		 337 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.61 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  28.43 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  32.35 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  26.88 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  31.87 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>