More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1215 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  100 
 
 		 326 aa  659    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  75.45 
 
 		 332 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  75.45 
 
 		 332 aa  508  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  69.94 
 
 		 334 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  67.8 
 
 		 334 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  68.14 
 
 		 327 aa  448  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  72.06 
 
 		 338 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  66.77 
 
 		 325 aa  443  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  62.34 
 
 		 323 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  57.05 
 
 		 338 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  57.91 
 
 		 337 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  57.28 
 
 		 337 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  57.28 
 
 		 337 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  57.28 
 
 		 337 aa  354  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  52.5 
 
 		 329 aa  345  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  55.56 
 
 		 462 aa  345  5e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  53.02 
 
 		 333 aa  342  7e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  52.28 
 
 		 330 aa  341  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  52.24 
 
 		 408 aa  331  1e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  49.21 
 
 		 320 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  47.66 
 
 		 335 aa  325  7e-88  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4396  integron integrase  58.76 
 
 		 318 aa  323  2e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.970236  normal  0.0224938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  50.16 
 
 		 318 aa  305  7e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2866  integron integrase  59.55 
 
 		 276 aa  299  4e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  60.22 
 
 		 291 aa  298  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  47.92 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  46.96 
 
 		 322 aa  295  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  47.6 
 
 		 319 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  48.09 
 
 		 320 aa  292  7e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  46.25 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  45.94 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  45.83 
 
 		 319 aa  285  5e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  45.62 
 
 		 319 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  45.94 
 
 		 319 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  45.94 
 
 		 319 aa  285  8e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  45.6 
 
 		 373 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  45.25 
 
 		 319 aa  281  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  44.17 
 
 		 452 aa  279  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  45.4 
 
 		 468 aa  275  8e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  45.65 
 
 		 449 aa  273  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  41.64 
 
 		 327 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  45.54 
 
 		 322 aa  269  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  45.09 
 
 		 457 aa  268  8e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  45.57 
 
 		 324 aa  265  8.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  43.63 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  42.64 
 
 		 453 aa  264  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3075  integron integrase  59.17 
 
 		 232 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  44.78 
 
 		 318 aa  263  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0840  integron integrase  48.57 
 
 		 319 aa  256  5e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623931  hitchhiker  0.00150822 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1843  integron integrase  43.3 
 
 		 279 aa  215  9e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1633  phage integrase family site specific recombinase  40.86 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180477  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0383  integron integrase  58.42 
 
 		 694 aa  205  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241301 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4142  integron integrase  68.75 
 
 		 156 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  57.33 
 
 		 159 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  36.51 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  32.89 
 
 		 279 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  34.22 
 
 		 291 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  29.87 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  33.64 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  30.34 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  31.58 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  31.58 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  31.58 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  34.29 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  30.89 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1565  phage integrase  57.01 
 
 		 114 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  32.62 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  32.62 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1786  phage integrase family site specific recombinase  43.71 
 
 		 150 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  34.29 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  30.19 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  31.05 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  32.8 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  29.72 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.62 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  31.87 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  31.03 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  32.7 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  29.39 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.8 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.27 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  29.01 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  28.52 
 
 		 265 aa  107  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  31.19 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  32.17 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  30.03 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  33.46 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  30.27 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  30.27 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.28 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  32.34 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  31.1 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  34.47 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  30.48 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  31.2 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  28.7 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>